國際商港區域內各項設施，除防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施等商港公共基礎設施，由政府委託商港經營事業機構興建維護外，得由商港經營事業機構興建自營，或由公民營事業機構以約定方式投資興建或租賃經營。

商港設施得由公民營事業機構以約定方式投資興建或租賃經營者，其甄選事業機構之程序、租金基準、履約管理、驗收、爭議處理之辦法，由主管機關定之。

商港公共基礎設施之興建維護費用，由航港建設基金支付。

為促進國際商港建設及發展，航港局應就入港船舶依其總噸位、離境之上下客船旅客依其人數及裝卸之貨物依其計費噸量計算，收取商港服務費，全部用於國際商港建設。

前項商港服務費之費率及收取、保管、運用辦法，由航港局擬訂，報請主管機關核定。

商港服務費應繳交航港建設基金。

商港經營事業機構、航港局或指定機關與公民營事業機構向不特定之商港設施使用人收取港埠業務費之項目及費率上限，由商港經營事業機構、航港局或指定機關擬訂，報請主管機關核定；變更時，亦同。

商港區域內之沉船、物資、漂流物，其打撈、清除應經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意；所有人不依商港經營事業機構、航港局或指定機關公告或通知之限期打撈、清除者，由商港經營事業機構、航港局或指定機關打撈、清除。所有人不明，無法通知者，亦同。

商港區域內之沉船、物資、漂流物之位置，在港口、船席或航道致阻塞進出口船舶之航行、停泊，必須緊急處理時，得逕由商港經營事業機構、航港局或指定機關立即打撈、清除。

前二項由商港經營事業機構、航港局或指定機關打撈、清除之沉船、物資、漂流物，所有人不於商港經營事業機構、航港局或指定機關通知限期內繳納打撈、清除費用後領回或所有人不明者，由商港經營事業機構、航港局或指定機關公告拍賣；其拍賣所得價金，除抵繳打撈、清除費用外，其餘發還所有人或保管公告招領。經公告滿六個月後仍無權利人領取時，由商港經營事業機構、航港局或指定機關取得所有權。

經由水溝、下水道或其他放流設施排入商港區域之廢棄物、有害物質、污水，其使用人或管理人，應於出口處設置柵欄或防污設施，並應將其所攔集之廢棄物清除之。

前項使用人或管理人不為設置或清除時，國際商港由商港經營事業機構通報航港局會商有關機關，責令限期採取適當之處理措施，或由商港經營事業機構逕行清除；國內商港由航港局或指定機關辦理，所需清除費用，由該使用人或管理人負擔。

商港區域內停泊之船舶，商港經營事業機構、航港局或指定機關認為妨礙船席調度或港區安全時，得指定地點令其移泊或疏散他處停泊；未依規定移泊者，得逕行移泊。

商港經營事業機構、航港局或指定機關為維護港區秩序、疏導航運、便利作業，得對港區內小船艘數、停泊位置、行駛及作業，予以限制；必要時並得將小船移置他處停放。

船舶、浮具未經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意，不得在港區內行駛或作業。

第一項、第二項由商港經營事業機構、航港局或指定機關執行移泊、停放所需之費用，由船舶所有人負擔。

商港區域內滯留之船舶，經依法查封者，商港經營事業機構、航港局或指定機關得限期通知運送人或貨物所有人將貨物轉船裝運或卸貨進倉。屆期不辦者，由商港經營事業機構、航港局或指定機關逕行卸貨進倉，並限期通知運送人或貨物所有人繳清各項費用後領取之。屆期未領者，得會同海關予以拍賣，所得價金，除抵繳各項費用外，其餘通知運送人或貨物所有人領回或依法提存。

商港經營事業機構、航港局或指定機關為配合船舶載運進口大宗民生必需品或工業原料之運輸，應優先指定船席停泊裝卸。

商港區域內停泊之船舶，其船員上岸休假，應由船長依規定予以限制。留船人數應有足以操縱船舶航行及應付緊急事變之能力。