中央主管機關及直轄市、縣（市）主管機關（以下簡稱地方主管機關）執行本法所定事項權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）訂定傳染病防治政策及計畫，包括預防接種、傳染病預防、流行疫情監視、通報、調查、檢驗、處理、檢疫、演習、分級動員、訓練及儲備防疫藥品、器材、防護裝備等措施。
（二）監督、指揮、輔導及考核地方主管機關執行傳染病防治工作有關事項。
（三）設立預防接種受害救濟基金等有關事項。
（四）執行國際及指定特殊港埠之檢疫事項。
（五）辦理傳染病防治有關之國際合作及交流事項。
（六）其他中央主管機關認有防疫必要之事項。
二、地方主管機關：
（一）依據中央主管機關訂定之傳染病防治政策、計畫及轄區特殊防疫需要，擬定執行計畫付諸實施，並報中央主管機關備查。
（二）執行轄區各項傳染病防治工作，包括預防接種、傳染病預防、流行疫情監視、通報、調查、檢驗、處理、演習、分級動員、訓練、防疫藥品、器材、防護裝備之儲備及居家隔離民眾之服務等事項。
（三）執行轄區及前款第四目以外港埠之檢疫事項。
（四）辦理中央主管機關指示或委辦事項。
（五）其他應由地方主管機關辦理事項。

地方主管機關辦理前項第二款事項，必要時，得報請中央主管機關支援。

各級主管機關執行港埠之檢疫工作，得委託其他機關（構）或團體辦理之。