為杜絕傳染病之發生、傳染及蔓延，特制定本法。
本法主管機關：在中央為衛生福利部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
本法所稱傳染病，指下列由中央主管機關依致死率、發生率及傳播速度等危害風險程度高低分類之疾病：
一、第一類傳染病：指天花、鼠疫、嚴重急性呼吸道症候群等。
二、第二類傳染病：指白喉、傷寒、登革熱等。
三、第三類傳染病：指百日咳、破傷風、日本腦炎等。
四、第四類傳染病：指前三款以外，經中央主管機關認有監視疫情發生或施行防治必要之已知傳染病或症候群。
五、第五類傳染病：指前四款以外，經中央主管機關認定其傳染流行可能對國民健康造成影響，有依本法建立防治對策或準備計畫必要之新興傳染病或症候群。
中央主管機關對於前項各款傳染病之名稱，應刊登行政院公報公告之；有調整必要者，應即時修正之。
本法所稱流行疫情，指傳染病在特定地區及特定時間內，發生之病例數超過預期值或出現集體聚集之現象。
本法所稱港埠，指港口、碼頭及航空站。
本法所稱醫事機構，指醫療法第十條第一項所定醫事人員依其專門職業法規規定申請核准開業之機構。
本法所稱感染性生物材料，指具感染性之病原體或其衍生物，及經確認含有此等病原體或衍生物之物質。
本法所稱傳染病檢體，指採自傳染病病人、疑似傳染病病人或接觸者之體液、分泌物、排泄物與其他可能具傳染性物品。
中央主管機關及直轄市、縣（市）主管機關（以下簡稱地方主管機關）執行本法所定事項權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）訂定傳染病防治政策及計畫，包括預防接種、傳染病預防、流行疫情監視、通報、調查、檢驗、處理、檢疫、演習、分級動員、訓練及儲備防疫藥品、器材、防護裝備等措施。
（二）監督、指揮、輔導及考核地方主管機關執行傳染病防治工作有關事項。
（三）設立預防接種受害救濟基金等有關事項。
（四）執行國際及指定特殊港埠之檢疫事項。
（五）辦理傳染病防治有關之國際合作及交流事項。
（六）其他中央主管機關認有防疫必要之事項。
二、地方主管機關：
（一）依據中央主管機關訂定之傳染病防治政策、計畫及轄區特殊防疫需要，擬定執行計畫付諸實施，並報中央主管機關備查。
（二）執行轄區各項傳染病防治工作，包括預防接種、傳染病預防、流行疫情監視、通報、調查、檢驗、處理、演習、分級動員、訓練、防疫藥品、器材、防護裝備之儲備及居家隔離民眾之服務等事項。
（三）執行轄區及前款第四目以外港埠之檢疫事項。
（四）辦理中央主管機關指示或委辦事項。
（五）其他應由地方主管機關辦理事項。
地方主管機關辦理前項第二款事項，必要時，得報請中央主管機關支援。
各級主管機關執行港埠之檢疫工作，得委託其他機關（構）或團體辦理之。
中央各目的事業主管機關應配合及協助辦理傳染病防治事項如下：
一、內政主管機關：入出國（境）管制、協助督導地方政府辦理居家隔離民眾之服務等事項。
二、外交主管機關：與相關外國政府及國際組織聯繫、持外國護照者之簽證等事項。
三、財政主管機關：國有財產之借用等事項。
四、教育主管機關：學生及教職員工之宣導教育及傳染病監控防治等事項。
五、法務主管機關：矯正機關收容人之傳染病監控防治等事項。
六、經濟主管機關：防護裝備供應、工業專用港之管制等事項。
七、交通主管機關：機場與商港管制、運輸工具之徵用等事項。
八、大陸事務主管機關：臺灣地區與大陸地區或香港、澳門之人員往來政策協調等事項。
九、環境保護主管機關：公共環境清潔、消毒及廢棄物清理等事項。
十、農業主管機關：人畜共通傳染病之防治、漁港之管制等事項。
十一、勞動主管機關：勞動安全衛生及工作權保障等事項。
十二、新聞及廣播電視主管機關：新聞處理與發布、政令宣導及廣播電視媒體指定播送等事項。
十三、海巡主管機關：防範海域、海岸、河口與非通商口岸傳染病媒介物之查緝走私及非法入出國等事項。
十四、其他有關機關：辦理傳染病防治必要之相關事項。
主管機關應實施各項調查及有效預防措施，以防止傳染病發生；傳染病已發生或流行時，應儘速控制，防止其蔓延。
傳染病流行疫情、疫區之認定、發布及解除，由中央主管機關為之；第二類、第三類傳染病，得由地方主管機關為之，並應同時報請中央主管機關備查。
中央主管機關應適時發布國際流行疫情或相關警示。
利用傳播媒體發表傳染病流行疫情或中央流行疫情指揮中心成立期間防治措施之相關訊息，有錯誤、不實，致嚴重影響整體防疫利益或有影響之虞，經主管機關通知其更正者，應立即更正。
政府機關、醫事機構、醫事人員及其他因業務知悉傳染病或疑似傳染病病人之姓名、病歷及病史等有關資料者，不得洩漏。
對於傳染病病人、施予照顧之醫事人員、接受隔離治療者、居家檢疫者、集中檢疫者及其家屬之人格、合法權益，應予尊重及保障，不得予以歧視。
非經前項之人同意，不得對其錄音、錄影或攝影。
政府機關（構）、民間團體、事業或個人不得拒絕傳染病病人就學、工作、安養、居住或予其他不公平之待遇。但經主管機關基於傳染病防治需要限制者，不在此限。
感染傳染病病原體之人及疑似傳染病之病人，均視同傳染病病人，適用本法之規定。