中央各目的事業主管機關應配合及協助辦理傳染病防治事項如下：
一、內政主管機關：入出國（境）管制、協助督導地方政府辦理居家隔離民眾之服務等事項。
二、外交主管機關：與相關外國政府及國際組織聯繫、持外國護照者之簽證等事項。
三、財政主管機關：國有財產之借用等事項。
四、教育主管機關：學生及教職員工之宣導教育及傳染病監控防治等事項。
五、法務主管機關：矯正機關收容人之傳染病監控防治等事項。
六、經濟主管機關：防護裝備供應、工業專用港之管制等事項。
七、交通主管機關：機場與商港管制、運輸工具之徵用等事項。
八、大陸事務主管機關：臺灣地區與大陸地區或香港、澳門之人員往來政策協調等事項。
九、環境保護主管機關：公共環境清潔、消毒及廢棄物清理等事項。
十、農業主管機關：人畜共通傳染病之防治、漁港之管制等事項。
十一、勞動主管機關：勞動安全衛生及工作權保障等事項。
十二、新聞及廣播電視主管機關：新聞處理與發布、政令宣導及廣播電視媒體指定播送等事項。
十三、海巡主管機關：防範海域、海岸、河口與非通商口岸傳染病媒介物之查緝走私及非法入出國等事項。
十四、其他有關機關：辦理傳染病防治必要之相關事項。