船舶有下列情形之一者，應由船長實施消毒、除污或病媒防治等衛生管制措施，並於完成後向檢疫單位申請檢查：
一、發現傳染病病人或其屍體。
二、經衛生檢查發現環境衛生不良或有病媒孳生。
三、發現動物因不明原因死亡，且有散播傳染病之虞。
四、駛進乾燥船塢前或解體船隻，且有散播傳染病之虞。
五、其他檢疫單位認有必要時。

船舶因故無法實施前項衛生管制措施時，檢疫單位應於船舶衛生證明書上載明所發現之事實、證據及需要採取之措施。