自國（境）外進港之船舶，依第十條規定申辦入港手續時，其檢附之海事衛生聲明書，應由船長填寫並簽名；該船舶置有船醫者，並應經船醫副署。

自國（境）外進港之船舶，依第十條第一項第三款規定檢附之船舶衛生證明書，應在有效期間內，並保持船舶衛生安全。

前項證明書屆期前，應向檢疫單位申請核發新證，檢疫單位因故未能實施檢查者，得就其原證明書聲明予以展延；其展延之期間，以一個月為限。申請時證明書已逾期者，檢疫單位因故未能實施檢查時，得於船舶提出書面聲明後，發給放行簽證。

船舶衛生證明書記載之船舶名稱或國籍有變更時，應向檢疫單位申請變更。

船舶有下列情形之一者，應由船長實施消毒、除污或病媒防治等衛生管制措施，並於完成後向檢疫單位申請檢查：
一、發現傳染病病人或其屍體。
二、經衛生檢查發現環境衛生不良或有病媒孳生。
三、發現動物因不明原因死亡，且有散播傳染病之虞。
四、駛進乾燥船塢前或解體船隻，且有散播傳染病之虞。
五、其他檢疫單位認有必要時。

船舶因故無法實施前項衛生管制措施時，檢疫單位應於船舶衛生證明書上載明所發現之事實、證據及需要採取之措施。

船長實施前條衛生管制措施，必要時應依檢疫單位指示，騰空船舶或船艙。未完成前，船舶不得移動或使用，並禁止非工作人員接近。

檢疫單位實施第二十八條第二項及第二十九條第一項檢查，其檢查時間及船舶應配合之事項，由檢疫單位定之。

經排定實施檢查之船舶，因故無法在排定時間內接受檢查時，船長應事先通知檢疫單位；檢疫單位得因實際狀況變更其檢查時間。