國內港埠檢疫單位應辦理之檢疫事項如下：
一、督導載運傳染病病人或其屍體之運輸工具負責人，實施消毒、除污或病媒防治等衛生管制措施。
二、於港埠區域內，實施病媒調查及衛生管制措施。
三、抽查自國（境）外進港運輸工具之衛生狀況及相關文件、資料，並視需要實施病媒調查及衛生管制措施。
四、其他中央主管機關公告之檢疫事項。

辦理前項工作時，相關機關（構）、公、民營事業機構應予配合，不得規避、妨礙或拒絕。