利用市場實際交易價格調整藥品支付價格之處理原則如下：
一、調整時程：主成分於專利期內、專利權逾期五年以上及無專利權之藥品，每兩年調整一次。
二、藥品分組分類
（一）同核價成分、同核價劑型、同規格量藥品歸為同分組。
（二）同分組藥品依專利與否分為二大類：
三、藥品支付價格之調整：
（一）計算調整期間：自最近一次支付價格調整生效日起至調查截止日止。
（二）專利期內藥品調整方式：
（三）逾（無）專利期藥品調整方式：
（四）專利期內藥品無 WAP，或逾（無）專利期藥品無 GWAP 之調整：
（五）同分組、同廠牌品項之調整：
（六）藥價調整後，同分組品項之最低價不得低於同分組品項最高價之 0.6倍（不含）；低於最高價0.6倍（不含）之品項，其健保支付價格依最高價之0.6倍調整；惟不得高於調整前支付價之二倍（含），本規定不適用指示用藥。
（七）調整後同廠牌之同成分、劑型藥品，低規格量藥品支付價格不高於高規格量藥品支付價格。高低規格量品項之調整如下：
（八）經保險人核定屬標準包裝之口服錠劑、口服膠囊劑（健保代碼末三碼為1G0）者，以 1.5 元為最低價，本規定不適用指示用藥。
（九）符合 PIC/S GMP 藥品之最低價：錠劑或膠囊劑為 1.5 元（倘同時具標準包裝者為2元）、口服液劑為25元、100～500mL（不含）輸注液為22元、500mL（含）以上大型輸注液為25元、其他注射劑為15元。以上不適用於健保代碼末二碼為99者及指示用藥。
（十）供醫事服務機構申報屬大包裝品項之最小單位（健保代碼末二碼為99者）：以同許可證各規格調整後之最小單位之單價最低者調整。
四、相關價格之核算原則如下：
（一）加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之個別藥品市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（二）同分組分類藥品之加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之同分組分類市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（三）新藥價之核算原則：