藥品支付價格調整目標如下：
一、逐步縮小智慧財產權或品質較無爭議之同成分、同含量、同規格、同劑型藥品之價差。
二、逐步調整藥品支付價格，使更接近藥品市場實際之加權平均銷售價格。

縮小同成分、同含量、同規格、同劑型之不同廠牌藥品價差之方法如下：
一、針對智慧財產權較無爭議之同成分、同含量、同規格、同劑型藥品，逐步以分類分組（Grouping）方式調整健保支付價格。
（一）適用於分類分組調整支付價格藥品之條件：
（二）上述品項、分類分組及價格調整之方法由保險人參考醫、藥相關專家學者意見後訂定之。
二、對支付價格高於同成分、含量、劑型、規格藥品支付價中位數一定倍數之藥品，予以調整支付價格。

藥品品質宜對實施製劑之原料藥具備 DMF、符合 PIC/S GMP 及便民藥品包裝等項目，予以提升品質誘因。

縮小藥品支付價格與市場銷售價格差異之方法如下：
一、參考「藥品市場實際交易價格調查」，調整藥品支付價格，使其更接近藥品之市場銷售價格。
二、專利逾期採即時調整與及時反映市場價格。
三、藥價調查及調整應集中於專利逾期後之中、短期。

藥品市場實際交易價格調查之方法如下：
一、甲調查
（一）調查品項：本標準支付藥品品項。
（二）調查對象：直接銷售給特約醫事服務機構之所有藥品供應商。
（三）調查內容：銷售保險特約醫事服務機構之藥品摘要資料，其內容包括：藥品代碼、藥品名稱、藥商代號、藥商名稱、申報期間、聯絡電話、傳真電話、藥商統一編號、聯絡地址、院所代號、藥品銷售量（應包含贈品量、藥品耗損，並扣除退貨數量）、銷售總金額（應包含營業稅，並扣除折讓金額及退貨金額）、銷售量合計及金額合計等。
（四）調查時程：按季申報，且於每季結束後第二個月二十日前，申報前一季各月份之藥品銷售資料。
二、乙調查
（一）調查品項：由保險人公告。
（二）調查對象：以醫療院所為調查對象，其中地區醫院以上全面普查，必要時，基層院所抽樣 1/10 調查。
（三）調查內容：調查對象在保險人指定期間之所有藥品銷售明細資料。包括藥商代號、藥商名稱、藥商統一編號、聯絡電話、許可執照字號、聯絡地址、申報資料年月、傳真電話、發票日期、院所代號、藥品代碼、包裝規格（單位）、藥品銷售量（應包含贈品量、藥品耗損，並扣除退貨數量）、售藥總金額（應包含營業稅，並扣除折讓金額及退貨金額）、發票號碼、發票註記等。
（四）調查時程：在保險人公告之申報期限內申報。
三、丙調查
（一）調查品項：價量異常之品項，如市場實際交易價格加權平均值高於健保支付價格之藥品。
（二）調查方式：由保險人前往藥品供應商與特約院所實地訪查。

機動性藥品市場實際交易價格調查（以下簡稱機動性調查） 如下：
一、針對外界檢舉有明確事證案件，且符合下列三項條件時，保險人應進行機動性調查：
（一）藥商或藥局藥品販售價格低於健保支付價之百分之六十。
（二）同分組藥品有三個以上。
（三）同分組最近一年特約醫事服務機構申報總計金額大於新臺幣五千萬元以上。
二、機動性調查之方式︰
（一）保險人得抽取一定比例特約醫事服務機構之藥品採購資料，進行價格調整。
（二）保險人應將被檢舉品項之同分組品項併同調查及處理。
三、利用機動性調查調整藥品支付價格之處理原則，若被檢舉之藥品或併同調查之藥品販售價格，同品質條件之藥品有低於現有健保支付價格之百分之五十者，依調查醫事服務機構之最低交易價格計算調整健保支付價格，公式如下：

所稱不實申報係指申報資料有下列情事之一，致墊高市場平均交易價格者：
一、未申報贈藥量或交易金額未扣除折讓者。
二、僅申報部分院所交易資料者。
三、其他足以影響調查結果正確性或完整性之情節。

未申報或不實申報之藥品，經掛號通知藥品許可證持有藥商及交貨廠商或醫療院所後，自發文日期三週內未補齊正確資料或提出合理說明者，以下列方式處理：
一、藥商
（一）未申報或不實申報品項無同成分、同劑型其他產品可供替代，致影響民眾用藥權益者：以該品項之加權平均價格之0.8倍調整且不得高於現行健保支付價格 0.8 倍。
（二）未申報之品項，不列入健保給付範圍一年（含標準包裝規格），生效日自發文日起次次一季一日生效。
（三）不實申報品項有同成分、同劑型其他產品可供替代者：
二、醫療院所
（一）不實申報品項之同藥理分類藥品均以同成分、含量、劑型藥品之最低價給付（自核定生效日期回溯一年）。
（二）依本保險特約醫事服務機構合約辦理。

利用市場實際交易價格調整藥品支付價格之處理原則如下：
一、調整時程：主成分於專利期內、專利權逾期五年以上及無專利權之藥品，每兩年調整一次。
二、藥品分組分類
（一）同核價成分、同核價劑型、同規格量藥品歸為同分組。
（二）同分組藥品依專利與否分為二大類：
三、藥品支付價格之調整：
（一）計算調整期間：自最近一次支付價格調整生效日起至調查截止日止。
（二）專利期內藥品調整方式：
（三）逾（無）專利期藥品調整方式：
（四）專利期內藥品無 WAP，或逾（無）專利期藥品無 GWAP 之調整：
（五）同分組、同廠牌品項之調整：
（六）藥價調整後，同分組品項之最低價不得低於同分組品項最高價之 0.6倍（不含）；低於最高價0.6倍（不含）之品項，其健保支付價格依最高價之0.6倍調整；惟不得高於調整前支付價之二倍（含），本規定不適用指示用藥。
（七）調整後同廠牌之同成分、劑型藥品，低規格量藥品支付價格不高於高規格量藥品支付價格。高低規格量品項之調整如下：
（八）經保險人核定屬標準包裝之口服錠劑、口服膠囊劑（健保代碼末三碼為1G0）者，以 1.5 元為最低價，本規定不適用指示用藥。
（九）符合 PIC/S GMP 藥品之最低價：錠劑或膠囊劑為 1.5 元（倘同時具標準包裝者為2元）、口服液劑為25元、100～500mL（不含）輸注液為22元、500mL（含）以上大型輸注液為25元、其他注射劑為15元。以上不適用於健保代碼末二碼為99者及指示用藥。
（十）供醫事服務機構申報屬大包裝品項之最小單位（健保代碼末二碼為99者）：以同許可證各規格調整後之最小單位之單價最低者調整。
四、相關價格之核算原則如下：
（一）加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之個別藥品市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（二）同分組分類藥品之加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之同分組分類市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（三）新藥價之核算原則：

必要藥品、罕見疾病用藥及其他經保險人公告之特殊品項，由保險人與該項藥品廠商協商調整事宜。

與保險人簽有供應無虞合約之不可替代必要藥品及罕見疾病用藥，按下列方式調整價格：
一、同類藥品，即同成分、劑型、劑量，具有相同品質條件者，調整為相同價格。
二、依實際市場交易價格調整，配合一般藥品之例行調整時程，每二年計算調整一次：
（一）採計前前一年第四季至前一年第三季之甲調查資料。
（二）新收載之品項，無同類藥品，而生效未滿一年者，不進行調整。有同類藥品者，將生效後應申報之甲調查資料併同類既有品項調整。
三、調整方式：
（一）0.80× Pold≦GWAP≦1.05 × Pold ：不予調整。
（二）GWAP＞1.05 × Pold，Pnew＝GWAP （並以 1.3 × Pold 為上限）。
（三）GWAP＜0.80 × Pold，Pnew＝GWAP＋0.20 × Pold。
四、前述健保支付價格之調整，以初次收載之健保支付價之二倍為上限。

利用市場實際交易價格調整藥品支付價格之資料引用之條件，經重新調整價格之品項，其生效日期前之銷售量不予計算，另自生效日期以後之銷售量，若於公立醫院因合約問題無法調整售價者，該資料得排除不列入計算，並應檢附舉證文件資料影印本，併同甲調查向保險人申報。

保險人得依本法第六十二條規定，其支付之藥品費用超出全民健康保險會協定之藥品費用總額時，依該超出之比例，於下年度調整本標準。