農田水利會內設組、室，最多不得超過八個。並依業務設工務、管理、財務、總務四組及人事、主計、輔導、資訊四室，組、室並得分股辦事。業務較簡之農田水利會得合併組、室或置專人辦理之。

農田水利會因業務需要，得報請主管機關核准，將總務組或資訊室併入其他組、室，並增設新組、室；新組、室名稱不受前項規定之限制。