農田水利會置總幹事一人，襄助會長處理會務，其任免、遷調，應報主管機關核准。

會長請假或因故不能執行職務時，由總幹事代理之。

農田水利會內設組、室，最多不得超過八個。並依業務設工務、管理、財務、總務四組及人事、主計、輔導、資訊四室，組、室並得分股辦事。業務較簡之農田水利會得合併組、室或置專人辦理之。

農田水利會因業務需要，得報請主管機關核准，將總務組或資訊室併入其他組、室，並增設新組、室；新組、室名稱不受前項規定之限制。

農田水利會得置主任工程師一人、專門委員、組長、室主任、工程師、副工程師、助理工程師、工程員、管理師、副管理師、助理管理師、管理員、秘書、專員、副專員、組員、辦事員及技工各若干人。

農田水利會員額編制，以灌溉排水面積一百五十五公頃置一人為原則，由主管機關核定之。

本通則中華民國一百零一年二月一日修正施行前，原由直轄市主管機關主管之農田水利會（以下簡稱原直轄市農田水利會），除得置第一項各類人員外，並得置助理員；其員額編制，因業務需要，報經主管機關核准者，不受前項面積規定之限制，不得逾五十人。

前項規定，自中華民國一百零三年六月一日施行；自該日起始進用之技工、工友，不得陞遷為前項所定之助理員。

農田水利會編制內人員，除會長、總幹事、主任工程師、專門委員、組室主管外，其總員額比率如下：
一、灌溉管理人員：百分之四十至四十八。
二、工程人員：百分之二十六至三十四。
三、一般人員：百分之十八至二十六。
四、技工：百分之八至十六。

原直轄市農田水利會總員額比率，因業務需要，報經主管機關核准者，不受前項比率規定之限制。

農田水利會會長及職員非依法令，不得兼任其他職務。但投資在資本額百分之十以下且不擔任執行業務者，不在此限。

農田水利會區域跨二縣市以上，灌溉排水面積超過三萬公頃而管理不便者，經報請主管機關核准後，得酌設管理處。

管理處之職掌如下：
一、區域內工作站之監督指導。
二、區域內用水之調整。
三、區域內水利糾紛之處理。
四、會費及工程費等各種費用之經收。
五、區域內事業改善之建議。
六、其他交辦事項。

農田水利會應在灌溉排水面積二千公頃以上四千公頃以下之範圍設一工作站。但有下列情事之一者，得報請主管機關核准設置，不受面積之限制：
一、業務性質特殊。
二、灌溉面積分散。
三、區域隔離交通不便。

工作站之職掌如下：
一、小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、水利妨害之取締及防汛之搶險。
二、小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
三、水利小組工作之指揮考核。
四、水利糾紛之調解處理。
五、水利政令及灌溉制度之推行。
六、灌溉水質之監視處理。
七、灌溉計畫之擬訂及執行，耕作面積與生產量之調查。
八、會員會籍及灌溉地籍異動之查報。
九、會費及工程費等各種費用之經收。
十、公共財產之維護管理。
十一、農田水利會交辦事項。

工作站除第一項所列職掌外，得因需要辦理下列事項：
一、氣象、水文、土壤之觀測、調查。
二、有關農業、水利之實驗及示範。

業務性質特殊之工作站，其職掌由農田水利會依據實際情形報請主管機關核定之。

管理處、工作站人員，由農田水利會就編制內人員調派之，其員額配置應報請主管機關備查。