工作站之職掌如下：
一、小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、水利妨害之取締及防汛之搶險。
二、小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
三、水利小組工作之指揮考核。
四、水利糾紛之調解處理。
五、水利政令及灌溉制度之推行。
六、灌溉水質之監視處理。
七、灌溉計畫之擬訂及執行，耕作面積與生產量之調查。
八、會員會籍及灌溉地籍異動之查報。
九、會費及工程費等各種費用之經收。
十、公共財產之維護管理。
十一、農田水利會交辦事項。

工作站除第一項所列職掌外，得因需要辦理下列事項：
一、氣象、水文、土壤之觀測、調查。
二、有關農業、水利之實驗及示範。

業務性質特殊之工作站，其職掌由農田水利會依據實際情形報請主管機關核定之。