園區事業將經核准輸往課稅區之保稅貨品轉讓或變更用途者，應自轉讓或變更用途之次日起三十日內，向海關按保稅貨品原型態補繳進口稅捐、貨物稅及營業稅。未依規定補繳稅捐者，依關稅法之規定辦理。

園區事業以保稅名義報運非保稅貨品進口逾規定期限自行申報補稅者，除補繳稅捐外，並自原料進口放行之次日起至稅捐繳清之日止，就應補稅捐金額按日加徵萬分之五之滯納金。但經海關查獲者，除補稅捐及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例有關規定處分。

園區事業應就由國外或國內購入之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及其所產生之廢品、下腳、產製之成品、半製品及經核准兼營貿易之成品，備置帳冊，據實記載貨品出入數量及金額。帳載貨品如有缺損，經敘明正當理由報請管理局會同海關及稅捐稽徵機關查明屬實者，辦理徵免後，准在帳冊內剔除。

前項帳冊及貨品，管理局必要時，得會同海關及稅捐稽徵機關派員查核。

園區事業於每屆會計年度終了，應於管理局指定之期間內，將其年度營運報告及財務報表，提交管理局備查。

園區事業資本額達公司法第二十條第二項所定一定數額以上者，其提交前項之財務報表，應先經會計師查核簽證。

園區事業、創新育成中心及研究機構就基因轉殖動物、植物或微生物產品及其產製過程，應遵守相關法規之規定，以確保園區內外環境之生態安全。