安全管理科掌理事項如下：
一、職業安全衛生管理之規劃。
二、防疫衛生及員工健康之管理。
三、安全衛生教育訓練及職業安全衛生之稽查。
四、職業災害通報之調查及統計。
五、安全系統與品質管理系統之規劃及推行。
六、鐵路經營維護與安全之監督及檢查。
七、鐵路營運系統安全、災害防救及預防性危害管理作業之規劃。
八、鐵路營運可靠度專案及評估安全管理流程有效性之規劃。
九、技術會報運作之規劃管理及安全事件之調查分析。
十、其他有關安全管理事項。