農業科技司掌理事項如下：
一、農業科技政策、法規、重大方案、施政計畫與審查考核機制之研擬、規劃及監督。
二、農業前瞻科技、產業創新技術與國際發展趨勢之研究、分析、轉譯及決策。
三、本部及所屬機關（構）農業科技研發量能與重要科技基礎設施設備資源之盤點及整體規劃。
四、學術研究機構與跨部會之農業科技業務聯繫與協調、農業科技研發專案之整合規劃、推動及監督。
五、國際農業科技合作與兩岸農業科技交流之規劃、研擬及推動。
六、農業科技研發成果保護、管理、運用與技術擴散、商品化及產業化之推動及監督。
七、農業科技研發人力培育與跨領域人才培訓之規劃、推動及督導。
八、農產品生產驗證、加工加值之跨部會業務聯繫、協調與相關政策、法規、制度之研擬及規劃。
九、科技農企業新創扶育、營運輔導與公私部門科技產業量能協同整合之規劃、協調及推動。
十、其他有關農業科技事項。