本部設下列司、處：
一、綜合規劃司，分四科辦事。
二、資源永續利用司，分三科辦事。
三、農民輔導司，分五科辦事。
四、畜牧司，分四科辦事。
五、動物保護司，分三科辦事。
六、農業科技司，分四科辦事。
七、國際事務司，分四科辦事。
八、資訊司，分三科辦事。
九、秘書處，分四科辦事。
十、人事處，分三科辦事。
十一、政風處。
十二、會計處，分四科辦事。
十三、統計處，分二科辦事。
十四、法制處。