肉品檢查組掌理事項如下：
一、屠宰場登記管理與畜禽屠宰衛生檢查政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、畜禽屠宰衛生管理與檢查技術、程序、方法之規劃、訂定、推動、協調及監督。
三、畜禽屠宰衛生檢查委託業務之管理與監督、屠宰衛生檢查收費程序、方法之研析、執行及監督。
四、畜禽屠宰管理違規查核與取締方案、計畫之規劃、訂定、執行、監督及案件處理。
五、國內、外屠宰衛生資訊與新技術之蒐集、推動及諮詢服務。
六、畜禽屠宰衛生檢查證明文件與合格標誌簽發、查核、使用、管理之規劃、監督及宣導。
七、畜禽屠宰衛生科技、技術、程序、方法之研究發展、引進及技術服務。
八、畜禽屠宰衛生檢查人員與屠宰業者教育訓練之規劃及監督。
九、化製原料運輸車消毒設備、防漏密閉設備之查驗及化製場死亡畜禽數量查核業務之監督。
十、其他有關肉品檢查事項。