農業部動植物防疫檢疫署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。

署長綜理署務，並指揮、監督所屬機關及人員；副署長襄助署長處理署務。

主任秘書權責如下：
一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。

本署設下列組、室：
一、企劃組，分三科辦事。
二、動物防疫組，分四科辦事。
三、植物防疫組，分三科辦事。
四、動物檢疫組，分三科辦事。
五、植物檢疫組，分三科辦事。
六、肉品檢查組，分三科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。

企劃組掌理事項如下：
一、動植物防疫檢疫年度施政方針、施政計畫、業務報告與專案業務之研擬、規劃、協調、執行及監督。
二、動植物防疫檢疫施政計畫、重大計畫、專案計畫與交辦事項之管考及查核。
三、動植物防疫檢疫個案計畫之管制及評核。
四、動植物防疫檢疫科技計畫研提管理之統籌、協調、執行及監督。
五、動植物防疫檢疫科技研發成果推廣管理之統籌、協調、執行及監督。
六、動植物防疫檢疫之國際雙邊、多邊諮商、合作與交流事務之統籌、協調、推動及監督。
七、國際動植物防疫檢疫相關經貿組織事務之統籌、協調、推動及監督。
八、兩岸動植物防疫檢疫事務之統籌、協調、推動及監督。
九、國會聯繫、媒體交流、公關行銷之規劃及推動；研考、災害防救業務之統籌及協調。
十、其他有關企劃事項。

動物防疫組掌理事項如下：
一、動物防疫政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、動物傳染病緊急防疫方案、計畫之規劃、訂定、推動及監督。
三、動物防疫、動物用藥品與獸醫醫療之資訊蒐集、疫情監測監控、預警、疫情通報及諮詢服務。
四、動物用藥品管理與畜牧場畜禽動物用藥監控政策、法規、方案、計畫之規劃、訂定、推動及監督。
五、獸醫師團體之輔導、交流、聯繫、監督、獸醫師登記管理與獸醫公共衛生政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
六、動物防疫、動物用藥品之研究發展及技術引進。
七、動物防疫、動物用藥品與獸醫醫療之檢查、檢驗標準公告及人員管理訓練。
八、動物用藥品製造、輸出入、販賣、使用、證照核發之審核、管理及監督。
九、化製場之消毒設備設置、消毒方法與消毒作業及場內獸醫師管理之查核、監督；原料運輸車消毒及密閉設備應辦事項之研擬。
十、其他有關動物防疫事項。

植物防疫組掌理事項如下：
一、植物防疫與農藥管理政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、特定疫病蟲害緊急防治措施之規劃、訂定、推動及監督。
三、特定疫病蟲害共同防治措施之規劃、訂定、執行及監督。
四、特定疫病蟲害監測、分析、研判、預警、通報之規劃、訂定、執行及監督。
五、植物防疫技術、農藥檢查、檢驗之研究發展與引進之規劃及推動。
六、農藥製造、加工、輸出入、販賣、使用、證照核發之審核、管理及監督。
七、農藥檢驗、抽驗業務之規劃、協調及監督。
八、植物防疫與農藥管理諮商談判之參與及配合。
九、植物防疫與農藥專業人員管理政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
十、其他有關植物防疫事項。

動物檢疫組掌理事項如下：
一、輸出入動物檢疫政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、動物檢疫物之檢疫、隔離、處理之規劃、訂定、協調、推動、監督及證明文件核發。
三、輸出入動物檢疫物港站檢疫、隔離檢疫、產地檢疫、追蹤檢疫與無特定動物傳染病區域化認定之作業程序、方法、技術之規劃、訂定、協調、推動及監督。
四、國際動物疫情風險評估作業與管制措施之規劃、分析、聯繫、推動及監督。
五、國外重大動物疫病疫區之公告與解除之研議及執行。
六、動物檢疫諮商談判之參與及配合。
七、動物檢疫人員管理政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
八、輸出入動物檢疫申訴案件與糾紛之處理及協調。
九、動物檢疫之研究、發展、引進與技術服務、動物檢疫檢查方法、檢驗基準之規劃、訂定、執行及監督。
十、其他有關動物檢疫事項。

植物檢疫組掌理事項如下：
一、輸出入植物檢疫政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、植物檢疫物之檢疫、隔離、處理之規劃、訂定、協調、推動、監督及證明文件核發。
三、輸出入植物檢疫物港站檢疫、隔離檢疫、產地檢疫、非疫生產區之作業程序、方法、技術之規劃、訂定、協調、推動及監督。
四、國際植物疫情風險評估作業與管制措施之規劃、分析、聯繫、推動及監督。
五、國外重大植物有害生物疫區之公告與解除之研議及執行。
六、植物檢疫諮商談判之參與及配合。
七、植物檢疫人員管理政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
八、輸出入植物檢疫申訴案件與糾紛之處理及協調。
九、植物檢疫之研究、發展、引進、技術服務、植物檢疫檢查方法、檢驗基準之規劃、訂定、執行及監督。
十、其他有關植物檢疫事項。

肉品檢查組掌理事項如下：
一、屠宰場登記管理與畜禽屠宰衛生檢查政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、畜禽屠宰衛生管理與檢查技術、程序、方法之規劃、訂定、推動、協調及監督。
三、畜禽屠宰衛生檢查委託業務之管理與監督、屠宰衛生檢查收費程序、方法之研析、執行及監督。
四、畜禽屠宰管理違規查核與取締方案、計畫之規劃、訂定、執行、監督及案件處理。
五、國內、外屠宰衛生資訊與新技術之蒐集、推動及諮詢服務。
六、畜禽屠宰衛生檢查證明文件與合格標誌簽發、查核、使用、管理之規劃、監督及宣導。
七、畜禽屠宰衛生科技、技術、程序、方法之研究發展、引進及技術服務。
八、畜禽屠宰衛生檢查人員與屠宰業者教育訓練之規劃及監督。
九、化製原料運輸車消毒設備、防漏密閉設備之查驗及化製場死亡畜禽數量查核業務之監督。
十、其他有關肉品檢查事項。

秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、法制、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、工友（含技工、駕駛）之管理。
四、不屬其他各組、室事項。

人事室掌理本署人事事項。

政風室掌理本署政風事項。

主計室掌理本署歲計、會計及統計事項。

本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。

本規程自中華民國一百十二年八月一日施行。