集水區治理組掌理事項如下：
一、國有林集水區防災治理之調查與規劃；國有林工程生態友善機制之推動及督導。
二、國有林集水區保育治理與林道維護計畫之擬訂、推動及督導。
三、國有林集水區與林道災害緊急處理之規劃、協調及推動。
四、林道管理與辦公廳舍新建工程之推動及督導。
五、國有林大規模土砂災害之防災及應變處理。
六、國有林集水區治理、林道維護與防災技術之研發、推廣及運用。
七、其他有關集水區治理事項。