本署設下列組、室：
一、綜合規劃及農業貸款組，分三科辦事。
二、農業金融管理組，分三科辦事。
三、農業保險及資訊組，分三科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。