有第十八條第一項第一款或第二款情形者，處行為人或其雇用人新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並令其限期清除或除去其危害或妨礙；屆期未辦理者，按日連續處罰。

有第十八條第一項第三款至第五款情形或違反第十九條第一項各款規定之一者，處行為人或其雇用人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並令其限期回復原狀、停工或拆除；屆期未辦理者，按日連續處罰。

本籍漁船以外船舶，有第十六條第二項未經核准任意進港，或進港船舶不於規定區域停泊情形者，處船舶所有人或船長新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並命其限期離港；屆期未離港者，按日處船舶所有人或船長新臺幣一萬二千元以上六萬元以下罰鍰。

擅自占用漁港區域或毀損漁港設施者，除涉及刑責應依法處罰外，並應令其限期回復原狀。

本法所定之處分，由主管機關為之。

依本法規定應處之罰鍰及依第十二條或第十六條第二項規定應繳之費用，未依限期繳納者，主管機關得停止該船舶使用漁港設施或禁止該船舶出港。但經提供相當擔保者，不在此限。