近海漁船船主申請僱用大陸船員，應委託仲介機構填具申請書並檢附下列文件，向中央主管機關申請僱用大陸船員及進入境內水域許可，經審查通過後，發給漁船船主僱用大陸船員許可文件及大陸船員來臺許可文件：
一、漁船船主與仲介機構簽訂之委託勞務契約影本。
二、漁船船主與大陸船員簽訂之勞務契約影本。
三、勞務合作契約所附受僱船員與所屬漁船之資料及相關費用明細表。
四、大陸船員居民身分證影本。
五、船員培訓證書；其經中央主管機關電腦查詢確依規定完成培訓者，得予免附。
六、體檢合格證明影本。
七、其他中央主管機關指定之文件。
第一項僱用大陸船員許可期間，以第一項第二款勞務契約之有效期限為準，最長不得逾二年；大陸船員來臺許可之效期，最長不得逾三個月。
金門、馬祖地區近海漁船船主申請僱用大陸船員，且該漁船符合金門縣政府、連江縣政府依試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法第六條第三項所定許可條件，並自行以原僱用漁船接駁、送返大陸船員者，得委託仲介機構檢附前條第一項各款文件向金門縣政府或連江縣政府申請僱用大陸船員及進入境內水域許可，經審查通過後發給許可文件。
金門、馬祖地區近海漁船船主申請僱用大陸船員，以直航客船接駁、送返大陸船員者，應依前條第一項規定申請許可。
金門縣政府及連江縣政府應將依第一項許可之漁船船主、船名、大陸船員名冊及仲介機構、許可期限等資料登錄，並轉送當地海岸巡防機關備查。
漁船船主與大陸船員簽訂之勞務契約，應載明下列事項：
一、漁船船主名稱、大陸船員姓名及其服務船舶名稱、作業漁場區域、職務及契約期限。
二、大陸船員之工資、投保保險種類及金額、交通費及支付方式。
三、大陸船員勞動保護、於暫置場所休息與避險之權利、食、宿、福利。
四、大陸船員應遵守之事項。
五、漁船船主應提供之福利。
六、糾紛調處及違反契約處理方式。
七、其他經雙方議定事項。
前項勞務契約，應依中央主管機關所訂契約範本辦理。
第一項第二款所定保險種類及金額，應依第十七條第四項規定辦理。
漁船船主僱用之大陸船員往返大陸地區，應以直航客船為之。
金門、馬祖地區近海漁船船主依第二十四條第一項規定申請僱用大陸船員及進入境內水域許可，限以原僱用漁船接駁及送返大陸船員，不適用前項規定。
大陸船員隨直航客船進入境內水域，所攜帶物品，其品目及數量限額，以大陸船員隨身攜帶自用日常物品限量表（如附表）之規定為限。
違反前項規定者，由權責機關依海關緝私條例、懲治走私條例及其他相關法令規定處理。
大陸船員第一次進入境內水域，所持證件應依下列各款之一辦理：
一、以直航客船接駁者，應持大通證及來臺許可文件正本進入通航港口。
二、以第二十六條第二項原僱用漁船接駁者，應持登輪證件正本進入查驗漁港。
前項通航港口或查驗漁港所在地海岸巡防機關蒐集大陸船員個人生物特徵識別資料及身分查驗比對無誤後，將登輪證件或大通證資料掃描上傳大陸船員資訊管理系統建檔，供主管機關核對，並協助直轄市、縣（市）主管機關製發識別證，同時收回來臺許可文件。
前項識別證之有效期限，應與第二十三條第二項之許可期間相同。
大陸船員應隨身攜帶識別證，以供檢查。
載有大陸船員之漁船限於進、出設有暫置場所之漁港，其漁船船主或船長並應向當地海岸巡防機關報驗檢查。
漁船船主僱用大陸船員許可期間屆滿三十日前，應委託仲介機構填具申請書並檢附下列文件，向船籍所在地直轄市、縣（市）主管機關申請後續僱用之許可，並換發識別證：
一、漁船船主與仲介機構簽訂之委託勞務契約影本。
二、漁船船主與大陸船員簽訂之勞務契約影本。
前項後續僱用許可之期限及識別證有效期限，以前項第二款勞務契約之有效期限為準；最長不得逾二年。
直轄市、縣（市）主管機關應將第一項許可文件之漁船船主、船名、大陸船員名冊及仲介機構、許可期限等資料登錄。
漁船船主得委託仲介機構將其僱用之大陸船員轉介至該仲介機構受託之其他漁船船主僱用。
前項大陸船員轉換雇主，應由仲介機構填具申請書並檢附下列文件，向新僱用漁船船主之漁船船籍所在地直轄市、縣（市）主管機關申請許可，並發給識別證；其原僱用許可文件，自許可轉換雇主之日起，失其效力：
一、原僱用漁船船主與大陸船員簽訂之終止契約同意書。
二、新僱用漁船船主與仲介機構簽訂之委託勞務契約影本。
三、新僱用漁船船主與大陸船員簽訂之勞務契約影本。
四、大陸船員識別證正本。
前項許可期限及識別證有效期限，以前項第三款勞務契約之有效期限為準，最長不得逾二年。
直轄市、縣（市）主管機關應將第二項許可文件之漁船船主、船名、大陸船員名冊及仲介機構、許可期限等資料登錄。
漁船船主僱用大陸船員期間，應遵守下列事項：
一、履行與仲介機構及與大陸船員所簽訂之契約內容。
二、確保大陸船員於船上享有同職務之相同福利及勞動保護。
三、於大陸船員隨船進港期間，應將其暫置於暫置場所，並支付暫置相關費用。
四、負起大陸船員送返前之生活輔導及管理，並支付相關費用。
五、每航次出海應將所僱大陸船員搭載出港。
六、指派本國籍人員辦理暫置區域原船暫置大陸船員之暫置、緊急避難或外出就醫等期間之生活輔導及管理。
七、不得使其所僱用之大陸船員於其他漁船工作。
八、所僱大陸船員發生犯罪、脫逃、鬥毆或重大違規案件時，通報當地直轄市或縣（市）主管機關、海岸巡防機關及警察機關。
九、協尋脫逃行蹤不明之大陸船員。
十、發現大陸船員疑似罹患法定傳染病時，應依傳染病防治法相關規定於二十四小時內通知當地衛生主管機關。
漁船船主未遵守前項第一款至第七款情事之一者，大陸船員得依第九條規定申訴。
大陸船員於受僱期間，應遵守下列事項：
一、履行與漁船船主所簽訂之契約。
二、服從漁船船主或船長之合理指揮監督。
三、遵守漁船船員管理規則、相關法令及本辦法等規定。
四、服從海岸巡防機關、警察機關、暫置場所管理人員之管理。
五、不得有挾持人員、打架鬥毆、破壞公物、吸毒、聚賭及酗酒等行為。
六、不得有脫逃行為。
七、不得擅離暫置場所。
大陸船員未遵守前項各款所定事項之一者，漁船船主或船長、暫置場所管理人員、海岸巡防機關或警察機關應將事實證據送直轄市或縣（市）主管機關調查，經調查屬實且情節重大者，直轄市或縣（市）主管機關應廢止第三十條之續僱許可、第三十一條之轉僱許可，或報請中央主管機關廢止第二十三條第一項或第二十四條第二項之僱用許可，或由金門縣或連江縣政府廢止第二十四條第一項之僱用許可，並令仲介機構限期將其送返。
直轄市、縣（市）主管機關進行前項調查，得給予大陸船員陳述意見之機會。
漁船船主解僱大陸船員或大陸船員識別證有效期間屆滿，仲介機構應自事實發生之日起七日內，向直轄市、縣（市）主管機關通報，並於直轄市、縣（市）主管機關指定期限內送返大陸船員。
大陸船員送返大陸地區時，由海岸巡防機關執行證件查驗及收回識別證，並於大陸船員資訊管理系統註記離船登記。