本辦法所定漁獲證明書，分為下列五種：
一、漁船捕撈證明文件：指經主管機關許可從事遠洋漁業之漁船所捕撈之漁獲物，委由貨櫃商輪、非我國籍運搬船或飛機運回國內，以向財政部關務署申請免徵進口關稅及免予列入輸入管制之證明文件。
二、魚貨來源證明文件：指漁獲物或漁產品之捕撈漁船符合一定衛生條件，以申請符合輸入國規定之輸出動物產品檢疫證明書之證明文件。
三、漁獲統計文件：指依國際漁業組織養護管理措施要求所核發之漁獲貿易文件。
四、捕撈合法證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，未涉及非法、未報告及不受規範漁撈行為之證明書。
五、輸歐盟漁獲證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，符合歐洲聯盟（以下簡稱歐盟）理事會規定之證明書。