本辦法依遠洋漁業條例（以下簡稱本條例）第十條第二項及第二十五條第六項規定訂定之。

主管機關受理第六條、第九條、第十一條、第十三條、第十五條、第十六條、第十八條、第十九條、第二十一條、第二十三條、第二十五條、第二十八條、第二十九條及第三十條申請、核發、核銷、註銷、補發漁獲證明書及其他相關業務，得委任所屬行政院農業委員會漁業署辦理。

本辦法所定漁獲證明書，分為下列五種：
一、漁船捕撈證明文件：指經主管機關許可從事遠洋漁業之漁船所捕撈之漁獲物，委由貨櫃商輪、非我國籍運搬船或飛機運回國內，以向財政部關務署申請免徵進口關稅及免予列入輸入管制之證明文件。
二、魚貨來源證明文件：指漁獲物或漁產品之捕撈漁船符合一定衛生條件，以申請符合輸入國規定之輸出動物產品檢疫證明書之證明文件。
三、漁獲統計文件：指依國際漁業組織養護管理措施要求所核發之漁獲貿易文件。
四、捕撈合法證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，未涉及非法、未報告及不受規範漁撈行為之證明書。
五、輸歐盟漁獲證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，符合歐洲聯盟（以下簡稱歐盟）理事會規定之證明書。

漁獲證明書之申請人，應符合下列條件之一：
一、經主管機關許可從事遠洋漁業，並限以其自行經營之漁船捕撈漁獲物或漁產品之經營者。
二、經主管機關核准從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口之遠洋漁業相關業者。

漁船捕撈證明文件之申請人，以前項第一款申請人為限。

漁獲證明書有效期間最長為四年。但生鮮大目鮪及生鮮劍旗魚漁獲統計文件有效期間為二個月。

前項期間，漁獲證明書於漁獲物卸魚前核發者，自核發之日起算；於漁獲物卸魚後核發者，自完成卸魚之日起算。