漁獲證明書有效期間最長為四年。但生鮮大目鮪及生鮮劍旗魚漁獲統計文件有效期間為二個月。

前項期間，漁獲證明書於漁獲物卸魚前核發者，自核發之日起算；於漁獲物卸魚後核發者，自完成卸魚之日起算。