申請漁船捕撈證明文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、漁獲物委由貨櫃商輪、非我國籍運搬船或飛機運回國內卸售之運輸文件影本。
二、漁獲物運回國內卸魚明細表。

前項申請經審查無誤後，發給漁船捕撈證明文件。

有下列情形之一者，不予核發漁船捕撈證明文件：
一、申請人不符合第四條第一項第一款規定。
二、圍網漁船漁獲物型態非冷凍全魚。
三、漁船未經主管機關許可從事遠洋漁業。
四、申請量超過轉載查核量；未經轉載查核者，申請量超過卸魚預報量。