申請捕撈合法證明書者，漁船於漁撈作業期間，應符合下列規定：
一、船位回報、漁撈日誌及漁獲通報、轉載及卸魚，未違反漁船所赴洋區作業管理辦法之規定。
二、非屬依本條例第十三條第二項公告之非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船。
三、無違反本條例第十三條第一項規定情事或漁業法第四十八條第一項規定情事。

申請捕撈合法證明書者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
二、漁獲物或漁產品出口運輸單據影本；申請換發輸歐盟漁獲證明書用者，或作為向其他主管機關申請核發相關文件之來源合法證明，或作為採購、銷售合法漁獲物之證明者，免附。

前項申請經審查無誤後，發給捕撈合法證明書。

有下列情形之一者，不予核發捕撈合法證明書：
一、有第十條第一款至第四款，或第十七條第五款規定情事之一。
二、漁船不符合第二十條規定。
三、申請人前所取得之捕撈合法證明書未依第二十三條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。

申請人除有第三項規定外，應於捕撈合法證明書核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：
一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。

前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。

有下列情形之一者，申請人免辦理第一項核銷：
一、已用於換發輸歐盟漁獲證明書。
二、用於向其他主管機關申請核發相關文件之來源合法證明。
三、用於採購、銷售合法漁獲物之證明。