取得當年度南方黑鮪作業許可者，始得核給當年度捕撈南方黑鮪配額。

未取得全年度作業許可者，依許可月數占全年度之比率核給配額。南方黑鮪作業漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占全年度之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之配額。

南方黑鮪作業漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。