捕撈南方黑鮪之年度總漁獲配額（以未處理之全魚重量計，以下稱配額者，亦同）、單船配額及單船漁獲運返國內銷售之數量，由主管機關依CCSBT決議情形公告之。

前項漁獲配額使用期間為當年三月一日至次年二月底。

當年度各作業組別取得作業許可之漁船未達船數限額時，賸餘之漁獲總配額，由主管機關統籌運用。

取得當年度南方黑鮪作業許可者，始得核給當年度捕撈南方黑鮪配額。

未取得全年度作業許可者，依許可月數占全年度之比率核給配額。南方黑鮪作業漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占全年度之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之配額。

南方黑鮪作業漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。

南方黑鮪作業漁船所捕南方黑鮪之漁獲量（以未處理之全魚重量計，以下稱漁獲量者，亦同），不得超過該船當年度之配額；超過者，應減少該船下一次及其後許可之年度配額至扣減完畢為止。

漁獲物去鰓、內臟、尾處理後之魚體重量，轉換成未處理之全魚重量之轉換係數為一點一五。<br />

南方黑鮪作業漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際出海作業月數占全年度之比率，核給當年度配額；已核給配額者，按比率收回其配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。

漁船經核准以出租方式對外漁業合作期間，不核給漁獲配額。已核給者，主管機關依核准對外漁業合作月數占全年度之比率收回當年度配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回。

漁獲返國銷售組漁船，其南方黑鮪漁獲物返國銷售數量，不得低於第十五條第一項公告之數量。

取得南方黑鮪作業許可之中南印度洋組或漁獲返國銷售組漁船，其漁獲量未達百分之五十者，經營者應將自願調減之配額數量，於當年八月十五日前向鮪魚公會申報，轉送主管機關。

我國漁船捕撈之南方黑鮪，累計總漁獲量達當年度總漁獲配額之百分之九十五時，主管機關得命漁船停止捕撈南方黑鮪，並限期離開作業漁區。

主管機關於當年七月一日後，得視南方黑鮪配額使用情形，受理申請再分配配額。

申請前項配額者，應符合下列規定，並向鮪魚公會登記，由鮪魚公會彙整後報送主管機關：
一、南方黑鮪單船配額使用率達百分之五十以上。
二、漁船未離開其作業漁區。

南方黑鮪作業漁船配合主管機關執行相關試驗研究或管理措施者，主管機關得另核給獎勵配額。