南方黑鮪作業漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際出海作業月數占全年度之比率，核給當年度配額；已核給配額者，按比率收回其配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。

漁船經核准以出租方式對外漁業合作期間，不核給漁獲配額。已核給者，主管機關依核准對外漁業合作月數占全年度之比率收回當年度配額；當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回。