南方黑鮪作業漁船出港後，船長應每日透過電子漁獲回報系統回報所捕獲南方黑鮪每尾之體長、體重及標籤編號，並詳實且正確填寫主管機關指定之漁撈日誌；無漁獲者，亦應回報及填寫。

前項漁船所捕獲之南方黑鮪漁獲物，有下列情形之一者，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統：
一、南方黑鮪配額用罄後，再捕獲南方黑鮪；其為季節性專業組且為印度洋大目鮪組者，並應離開作業漁區。
二、漁船為季節性專業組者，離開其作業漁區後，再捕獲南方黑鮪，不論當年度南方黑鮪配額是否用罄。

南方黑鮪作業漁船單一航次之南方黑鮪電子漁獲回報，與實際卸魚量之差值，不得超過實際卸魚量之百分之十。

差值超過前項規定比率，而符合下列規定者，視為電子漁獲回報與實際卸魚量之差值未超過百分之十：
一、季節性專業組：差值未逾二公噸。
二、混獲組：差值未逾三百公斤。

有下列情形之一者，為本條例第十三條第一項第十二款所稱之嚴重不實：
一、季節性專業組南方黑鮪之電子漁獲回報，與實際卸魚量之差值超過二噸，且超過實際卸魚量之百分之二十。
二、混獲組南方黑鮪之電子漁獲回報，與實際卸魚量之差值超過三百公斤，且超過實際卸魚量之百分之三十。

南方黑鮪作業漁船前往南緯二十五度以南水域作業時，應至少使用二種海鳥忌避措施，其中一種應為驅鳥繩，其餘應自夜間投繩或支繩加重選擇運用；其規格如附件四。

漁船每次作業所採行前項海鳥忌避措施，應填報於電子漁獲回報系統及漁撈日誌。