中華民國九十九年十二月二十五日縣（市）改制或與其他直轄市、縣（市）合併改制為直轄市前已設立之鄉、鎮（市）、區農會、縣（市）農會，應於一百零一年六月二十五日以前依下列方式辦理：
一、縣（市）改制為直轄市：縣（市）農會及鄉、鎮（市）農會未變更組織區域者，逕行更名為直轄市農會及區農會。
二、縣（市）與其他直轄市、縣（市）合併改制為直轄市：以下級農會為會員之農會，變更組織為直轄市農會；基層農會未變更組織區域者，更名為區農會。

縣（市）農會未依前項第二款規定辦理者，應由直轄市主管機關命其合併。

依第一項規定辦理者，其原任選任人員之任期得繼續至該屆任期屆滿為止。

依第一項第二款規定更名為區農會者，其理事、監事之名額，得繼續維持更名前之名額。

本法中華民國一百零一年一月十九日修正之條文施行後，金門縣農會及連江縣農會下屆選任人員之任期延長一年。