農會分為下列三級：
一、鄉（鎮、市、區）農會。
二、縣（市）農會及直轄市農會。
三、全國農會。

本法中華民國一百零一年一月十九日修正之條文施行後，省農會、直轄市農會及縣（市）農會應依本法規定儘速設立全國農會。省農會應於全國農會設立時，併入全國農會。

全國農會未設立前，縣（市）農會之上級農會為省農會。

鄉、鎮（市）、區以下按實際需要，劃設農事小組，為農會事業基層推行單位；必要時，並得分班工作。

各級農會以行政區域為其組織區域，並冠以各該區域之名稱。同一區域內以組織一個農會為原則。但依事實需要，中央主管機關得命同一直轄市之區農會或縣（市）之鄉、鎮（市）、區農會合併於直轄市或縣（市）農會，或若干鄉、鎮（市）、區農會合併組織一個農會，其名稱由主管機關定之。

農會會址，除經核准者外，應設於各級政府及鄉、鎮（市）、區公所所在地。

中華民國九十九年十二月二十五日縣（市）改制或與其他直轄市、縣（市）合併改制為直轄市前已設立之鄉、鎮（市）、區農會、縣（市）農會，應於一百零一年六月二十五日以前依下列方式辦理：
一、縣（市）改制為直轄市：縣（市）農會及鄉、鎮（市）農會未變更組織區域者，逕行更名為直轄市農會及區農會。
二、縣（市）與其他直轄市、縣（市）合併改制為直轄市：以下級農會為會員之農會，變更組織為直轄市農會；基層農會未變更組織區域者，更名為區農會。

縣（市）農會未依前項第二款規定辦理者，應由直轄市主管機關命其合併。

依第一項規定辦理者，其原任選任人員之任期得繼續至該屆任期屆滿為止。

依第一項第二款規定更名為區農會者，其理事、監事之名額，得繼續維持更名前之名額。

本法中華民國一百零一年一月十九日修正之條文施行後，金門縣農會及連江縣農會下屆選任人員之任期延長一年。

鄉（鎮、市、區）內具有農會會員資格滿五十人時，得發起組織基層農會。

鄉（鎮、市、區）農會成立三個以上或經中央主管機關之核准，得組織上級農會。

全國農會應由省農會、直轄市農會及縣（市）農會共同發起組織。

下級農會應加入其上級農會為會員，並應受其上級農會之輔導；其辦法由中央主管機關定之。

農會之發起組織，應報經主管機關許可後，方得召開發起人會議，並推定籌備員，組織籌備會。

籌備及成立時，均應報請主管機關派員指導監選。

農會應於成立大會後七日內，將章程、會員（代表）名冊及理、監事簡歷冊，報請主管機關核發登記證書及圖記。

農會章程應載明左列事項：
一、名稱。
二、宗旨。
三、區域。
四、會址。
五、任務。
六、組織。
七、會員入會、出會與除名。
八、會員之權利與義務。
九、會員代表及理、監事之名額、權限、任期及其選任與解任。
十、總幹事之遴聘、解聘及其職掌。
十一、會議。
十二、會費。
十三、經費及會計。
十四、修改章程之程序。

農會得依下列方式，共同向直轄市或縣（市）主管機關申請核准後，辦理合併：
一、同一直轄市或縣（市）之鄉（鎮、市、區）農會全部與直轄市或縣（市）農會合併組織一個農會。
二、同一直轄市或縣（市）之二以上鄉（鎮、市、區）農會合併組織一個農會。

農會應自前項直轄市或縣（市）主管機關核准合併之日起六個月內，完成選任人員改選及總幹事改聘；其任期或聘期至該屆任期屆滿為止。

農會依前條第一項規定申請合併前，應共同組織合併籌備委員會，就合併有關事項作成合併計畫書及契約書，提經理事會審議後，附具經會計師查核簽證，且經監事會監察之資產負債表、事業損益及經費所入所出計算表、盈虧撥補表、現金流量表及財產目錄，提報會員（代表）大會依第三十七條規定決議之。

前項合併計畫書及契約書，應載明下列事項：
一、合併計畫書：包含合併方式、經濟效益評估、合併後組織區域概況、業務發展計畫、未來三年財務預測、預期進度及可行性分析。
二、合併契約書：
（一）合併前各農會名稱、合併後農會名稱及組織區域。
（二）農會資產及負債之評價。
（三）對農會會員之權益保障、選任人員之名額分配及聘、僱人員之權益處理事項。
（四）合併後農會章程。

第一項之決議，由會員（代表）大會行之者，農會應於決議後十日內，將決議內容及合併契約書應載明事項，於農會及各辦事處連續公告至少七日，並於新聞紙及直轄市或縣（市）主管機關指定之網站連續公告至少五日，該公告應指定三十日以上之期間為異議期間。不同意合併之會員應於指定期間內以書面向農會聲明異議，異議之會員達全體會員三分之一以上時，原決議失效。屆期未聲明異議者，視為同意。

農會為第一項決議，應於決議後十日內將決議內容及合併契約書應載明事項，以書面通知債權人，聲明債權人得於指定三十日以上之期間內，以書面提出合併將損及其權益之異議。

農會未依第三項所定期間、內容辦理公告，或未依前項所定期間、方式、內容通知債權人，或對於在前項指定期間內提出異議之債權人不為清償或不提供相當之擔保者，不得以其合併對抗之。

農會依第十一條之一第一項規定向直轄市或縣（市）主管機關申請合併時，應附具下列書件：
一、合併計畫書及契約書。
二、農會會員（代表）大會會議紀錄。
三、合併之決議內容及相關契約書應載明事項，已依前條第三項及第四項規定公告之證明、通知文件及異議之處理。
四、會員名冊。
五、經會計師查核簽證之資產負債表、事業損益及經費所入所出計算表、盈虧撥補表、現金流量表及擬制性合併財務報表。
六、其他經直轄市或縣（市）主管機關規定應提出之書件。

合併後農會應承受合併前農會之權利義務；合併前農會會員之會籍，並應改隸於合併後農會。

合併後農會應向主管機關申請設立或變更登記；主管機關應同時廢止被合併農會之登記。

合併後農會於申請對合併前農會所有不動產、應登記之動產、智慧財產權及各項擔保物權之變更、移轉或讓與等登記時，得憑主管機關許可合併之核准函等相關文件，逕向登記機關辦理登記，免繳納登記費用及免徵因合併而發生之印花稅及契稅，並依下列各款規定辦理：
一、其移轉之有價證券，免徵證券交易稅。
二、其移轉貨物或勞務，非屬營業稅之課徵範圍。
三、合併前農會所有之土地隨同移轉時，經依土地稅法審核確定其現值後，即予辦理土地所有權移轉登記，其應繳納之土地增值稅准予記存，由合併後農會於該項土地再移轉時一併繳納之；其破產或解散時，經記存之土地增值稅，應優先受償。
四、合併前農會依農業金融法第三十三條準用銀行法第七十六條規定承受之土地，因合併而隨同移轉予合併後農會時，免徵土地增值稅。
五、因合併產生商譽，於申報所得稅時，得於十五年內攤銷之。
六、因合併產生之費用，於申報所得稅時，得於十年內認列。
七、因合併出售不良債權所受之損失，於申報所得稅時，得於十五年內認列損失。

依第七條之一第一項規定辦理之直轄市農會及區農會，其登記費用之免繳及相關稅賦之免徵，依前項規定辦理。