農業主管機關為獎勵經營良好之農業合作社，得編列經費，補助其辦理下列事項：
一、購置營運所需之生產、集貨、貯存、冷藏（凍）、洗選、運銷、製造、加工、包裝、檢驗、驗證及其他相關設施、設備。
二、農、林、漁、畜產物通過生產追溯，或取得產銷履歷、優良農產品、有機農產品驗證合格所需費用。
三、辦理造林、撫育、林產物伐採及森林經營管理。
四、配合政府辦理食品安全、污染防治、穩定產銷及其他事項。
五、辦理教育訓練、觀摩學習活動，培訓農業專業人才。
六、其他經農業主管機關同意辦理之事項。

前項所稱經營良好，由農業主管機關審酌農業合作社之營運績效、政策配合度、違規情形及最近一年度合作社之主管機關辦理之年度考核成績等事項綜合認定之。

協助政府辦理農產品產銷調節且經營良好之農業合作社，農業主管機關得優先補助。