本辦法依合作社法第五十四條之二第二項規定訂定之。

本辦法所稱農業主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

本辦法所稱農業合作社，指依合作社法規定設立，並利用自然資源、農用資材及科技，以從事農作、森林、水產、畜牧及休閒農業，經營生產、運銷、供給、利用、勞動業務之合作社。

農業主管機關得輔導農業合作社之方式如下：
一、輔導農業合作社提升國產農產品形象與價值、穩定產銷、保障社員權益及收益。
二、輔導農業合作社執行農業政策相關計畫。
三、協助農業合作社建立制度、培訓農業專業人才、辦理教育訓練、觀摩學習。
四、媒合學者專家或技師提供專業技術，建立業務經營管理制度，提升經營績效。
五、其他與農業合作社經營之相關事項。

農業主管機關為獎勵經營良好之農業合作社，得編列經費，補助其辦理下列事項：
一、購置營運所需之生產、集貨、貯存、冷藏（凍）、洗選、運銷、製造、加工、包裝、檢驗、驗證及其他相關設施、設備。
二、農、林、漁、畜產物通過生產追溯，或取得產銷履歷、優良農產品、有機農產品驗證合格所需費用。
三、辦理造林、撫育、林產物伐採及森林經營管理。
四、配合政府辦理食品安全、污染防治、穩定產銷及其他事項。
五、辦理教育訓練、觀摩學習活動，培訓農業專業人才。
六、其他經農業主管機關同意辦理之事項。

前項所稱經營良好，由農業主管機關審酌農業合作社之營運績效、政策配合度、違規情形及最近一年度合作社之主管機關辦理之年度考核成績等事項綜合認定之。

協助政府辦理農產品產銷調節且經營良好之農業合作社，農業主管機關得優先補助。

農業合作社經合作社之主管機關考核評定為丙等以下者，農業主管機關就其業務執行部分應輔導其改善；重大缺失未能及時改善者，應輔導其提出限期改善計畫，並督促其執行。

本辦法於農業合作社聯合社，準用之。

本辦法自發布日施行。