農田水利會職員分為下列五類：
一、輔佐人員：總幹事、主任工程師、秘書。
二、灌溉管理人員：管理組長、管理師、副管理師、助理管理師、管理員。
三、工程人員：工務組長、工程師、副工程師、助理工程師、工程員。
四、一般行政人員：財務組長、總務組長、主計室主任、人事室主任、輔導室主任、資訊室主任、專門委員、專員、副專員、組員、辦事員。
五、兼任主管人員：管理處主任、股長及工作站站長。

農田水利會組織通則中華民國一百零一年二月一日修正施行前，原由直轄市主管機關主管之農田水利會（以下簡稱原直轄市農田水利會），除得置前項各類職員外，並得置助理員。

管理處主任應由二等七級以上之管理師、工程師、秘書或專員兼任。

股長、工作站站長由助理管理師、助理工程師或組員以上人員兼任，其薪級不得低於三等五級；股長應由相關類科或具有相關經歷人員兼任。

前項所定相關類科及相關經歷如附表三。