農田水利會職員分為下列五類：
一、輔佐人員：總幹事、主任工程師、秘書。
二、灌溉管理人員：管理組長、管理師、副管理師、助理管理師、管理員。
三、工程人員：工務組長、工程師、副工程師、助理工程師、工程員。
四、一般行政人員：財務組長、總務組長、主計室主任、人事室主任、輔導室主任、資訊室主任、專門委員、專員、副專員、組員、辦事員。
五、兼任主管人員：管理處主任、股長及工作站站長。

農田水利會組織通則中華民國一百零一年二月一日修正施行前，原由直轄市主管機關主管之農田水利會（以下簡稱原直轄市農田水利會），除得置前項各類職員外，並得置助理員。

管理處主任應由二等七級以上之管理師、工程師、秘書或專員兼任。

股長、工作站站長由助理管理師、助理工程師或組員以上人員兼任，其薪級不得低於三等五級；股長應由相關類科或具有相關經歷人員兼任。

前項所定相關類科及相關經歷如附表三。

農田水利會職員之職務等級分一等、二等及三等，各種職務之職等依附表四農田水利會職員職務等級表之規定。

農田水利會應依主管機關核定編制表之職稱及人數進用人員。

農田水利會總幹事、專門委員應就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員高等考試或相當等級之考試及格，並曾任政府機關相當薦任第九職等以上職務二年以上或相當薦任第八職等以上職務四年以上，經銓敘合格，成績優良。
二、曾任農田水利會會長、總幹事、主任工程師、專門委員職務，或曾任農田水利會組室主管三年，或曾任管理師、工程師、秘書、專員職務六年以上，成績優良，且符合總幹事、專門委員最低起支薪級。

前項專門委員員額比率不得超過農田水利會組長、室主任、管理師、工程師、秘書及專員總員額百分之十；其計算員額未滿一人者，以一人計。

農田水利會主任工程師除具有前條資格之一，並應就具有下列各款資歷之一者，任用之：
一、經農田水利會工程人員二等十二級考試及格。
二、公立或立案之私立專科以上學校相關科系，或經教育部承認之國外專科以上學校相關科系畢業。

前項第二款所定相關科系如附表五。

農田水利會組室主管應考量其領導能力，並就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員高等考試或相當等級之考試相關類科及格，並曾任政府機關相當薦任第九職等職務一年以上、相當薦任第八職等職務四年以上或相當薦任第七職等職務六年以上，經銓敘合格，成績優良。
二、曾任或現任農田水利會管理師、工程師、秘書、專員相關職務三年以上或副工程師、副管理師、副專員相關職務五年以上，成績優良，且符合組室主管最低起支薪級。

前項第一款所定相關類科如附表六。

農田水利會管理師、工程師、秘書、專員，應就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員高等考試或相當等級之考試相關類科及格，並曾任政府機關相當薦任第八職等以上職務一年以上，或相當薦任第七職等以上職務三年以上，成績優良。
二、曾任或現任農田水利會副管理師、副工程師或副專員以上相關職務一年以上成績優良且符合管理師、工程師、秘書、專員最低起支薪級。

農田水利會副工程師、副管理師、副專員，應就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員高等考試或相當等級之考試相關類科及格，並曾任政府機關相當薦任第七職等以上職務一年以上，或相當薦任第六職等以上職務三年以上，成績優良。
二、曾任或現任農田水利會二等助理管理師、二等助理工程師或二等組員以上相關職務一年以上成績優良且符合副管理師、副工程師、副專員最低起支薪級。

農田水利會二等助理管理師、二等助理工程師、二等組員，應就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員高等考試或相當等級之考試相關類科及格，並曾任政府機關相當薦任第六職等以上職務一年以上，成績優良。
二、經農田水利會二等十二級人員考試及格。
三、領有相關類科之專門職業及技術人員高等考試及格證書後，實際從事相當之專門職業或技術職務二年以上，成績優良。
四、曾任或現任農田水利會三等最高級相關職務敘本薪最高薪級滿二年，其考績均列甲等或滿三年，其考績一年以上列甲等，其餘列乙等。

第一項第一款、第二項第一款及前項第一款所定相關類科如附表六。前項第三款所定相關類科如附表七。

農田水利會三等助理工程師、三等助理管理師、三等組員，應就具有下列資格之一者任用之：
一、公務人員普通考試或相當等級之考試相關類科及格，並曾任政府機關相當委任第四職等以上職務一年以上，成績優良。
二、曾任或現任農田水利會管理員、工程員、辦事員相關職務一年以上成績優良且符合三等助理管理師、三等助理工程師、三等組員最低起支薪級。

農田水利會管理員、工程員、辦事員，應就具有下列資格之一者任用之：
一、經農田水利會三等十級人員考試及格。
二、公務人員相關類科普通考試或相當等級之考試及格，並曾任政府機關相當委任第三職等以上職務一年以上，成績優良。
三、曾任農田水利會三等十級以上相關職務一年以上，成績優良。
四、領有相關類科之專門職業及技術人員高等考試及格證書。

第一項第一款及前項第二款所定相關類科如附表六。前項第四款所定相關類科如附表七。

原直轄市農田水利會，其工程員、管理員、辦事員，除得就具有第二項各款之一資格者任用外，並得就現任原直轄市農田水利會助理員職務六年以上，具第十二條所定考試資格，且其考績三年以上列為甲等，其餘列為乙等者任用之。

原直轄市農田水利會，其助理員應就具有下列各款資格者任用之：
一、中華民國一百零三年五月三十一日前，原直轄市農田水利會任用之在職技工或工友。
二、現任技工職務五年以上，或工友職務七年以上，具第十二條所定考試資格，且其考績二分之一以上列為甲等，其餘列為乙等。

前項規定，自中華民國一百零三年六月一日起進用之技工、工友，不適用之。

第二十條第一項第二款、第二十一條第一項第二款、第二項第二款、第三項第四款、前條第一項第二款及第二項第三款所稱相關職務，指第十五條第一項各款職員類別中，除輔佐人員外，為同一類別人員或得調任類別人員之職稱職務。

第二十一條第一項第二款有關秘書之任用資格規定中所稱相關職務，指曾任或現任農田水利會工程師、管理師、秘書、專員、副工程師、副管理師或副專員之職務。

第十二條考試及格進用人員應受各該次考試簡章規定服務年限之限制。

各農田水利會應於無適當之考試及格人員可資分發任用時，始得以公開甄選方式進用符合第十八條至第二十二條所定資格之公務人員或專門職業及技術人員。

農田水利會現職人員之調任，依下列規定辦理：
一、經本規則任用及調任人員，除自願者外，不得調任低一職等之職務；在同職等內調任低職級職務者，仍支原薪（含本薪、年功薪及專業加給）；其調任高職級職務而未具任用資格者，在同職等高二序列職級職務範圍內，得予權理。
二、依農田水利會職員職務等級表初任該職務人員應自所列最低職級任用。但未具擬任職務最低職級任用資格者，依前款權理規定辦理；已具較高職級任用資格者，仍以敘至該職務所列最高職級為限。

一般行政人員不得調任工程人員及灌溉管理人員；灌溉管理人員不得調任工程人員。但調任人員具有下列各款之一者，不在此限：
一、經農田水利會考試及格，其考試類科與調任職務性質相近。
二、公立或立案之私立專科以上學校或經教育部承認之國外專科以上學校畢業，其科別或學系性質與調任職務性質相近。
三、領有相關類科之專門職業及技術人員高等或普通考試及格證書或相關職類之技術士證照。

前項考試類科、科別、學系、相關類科及相關職務範圍，由主管機關公告之。

農田水利會再任人員所具任用資格高於所擬任職務最低職級時，依該職務所列範圍內原職級任用；並以所列最高職級為限。

農田水利會職務出缺，尚未派員或分發人員時，應由具有該職務任用資格人員代理或兼任其職務；如農田水利會內確無具有該職務任用資格人員可資代理時，得由次一職級職務人員代理或兼任。

前項出缺職務之代理期間，最長以一年為限。

農田水利會得應業務需要，就原有編制員額二等或三等職缺內調整改列機要人員，其員額不得超過二人。機要人員應以專任為之，且不得兼任其他職務。

會長得於前項改列員額內進用機要人員並隨時予以免職。

機要人員於會長卸任、辭職、去職或死亡時，同時離職。

機要人員不得任總幹事、主任工程師及專門委員職務或財務、主計、人事及輔導等組室主管職務。

機要人員轉任非機要職時，其機要之資歷均不予採計，且不得作為非機要職之任用資格。

農田水利會進用之二等機要人員，應具備下列條件之一：
一、曾任政府機關薦任、薦派或相當官等以上職務者。具各該官等資格者，亦同。
二、曾任交通事業人員、公營事業人員、軍職人員或聘用人員相當薦任以上職務者。
三、曾任教育人員相當薦任以上職務者。曾任私立學校教師相當職務者，亦同。
四、曾任民選公職人員相當薦任以上職務者。
五、曾任以機要人員方式進用之各機關秘書長、主任秘書、直轄市政府副秘書長、縣（市）政府一級單位主管或縣轄市副市長者。
六、教育部認可之國內外大學畢業取得碩士學位，或取得學士學位並曾任相關職務滿二年者。
七、教育部認可之國內外專科學校畢業並曾任相關職務滿三年者。
八、曾任政府機關薦任以上職務或農田水利會二等機要人員者。
九、曾任第二項第二款至第四款各款之職務、政府機關委任職務或農田水利會三等機要人員滿五年者。

農田水利會進用之三等機要人員，應具備下列條件之一：
一、具備前項各款條件之一者。
二、曾任政府機關委任、委派或相當官等職務者。具各該官等資格者，亦同。
三、曾任僱用人員，或交通事業人員、公營事業人員、軍職人員相當委任職務者。
四、曾任教育人員相當委任職務者。曾任私立學校教師相當職務者，亦同。
五、教育部認可之國內外大學畢業取得學士學位者。
六、教育部認可之國內外專科學校畢業並曾任相關職務滿一年，或在教育行政主管機關認可之高級中學、高級職業學校畢業並曾任相關職務滿三年者。

農田水利會職員具下列各款條件者，得參加陞遷考核：
一、具有擬任職務資格並敘其最低薪級以上。
二、任現職一年以上。
三、最近三年考績，均列乙等以上。
四、最近一年未受記大過或累積達一大過以上處分。
五、最近三年內未受有期徒刑以上之刑事判決確定。

前項人員於留職停薪期間或經機關核准帶職帶薪進修或研究六個月以上，於進修或研究期間者，不得辦理陞任。

第一項陞遷考核評分標準表由主管機關公告之。

農田水利會總幹事、主任工程師及組室主管得不經人評會評議，由會長核定逕行陞遷。

農田水利會總幹事、主任工程師及組室主管之任免、遷調應報主管機關核准。

農田水利會人員之任免遷調應按月造送清冊，報請主管機關備查。

考試及格之初任人員，應先試用六個月，試用期滿及格者予以正式任用。

前項試用期間之年資應併入服務年資計算之。

試用人員於試用期間有下列情事之一者，應為試用不及格：
一、有公務人員考績法相關法規所定年終考績得考列丁等情形之一。
二、有本規則所定一次記一大過以上情形之一。
三、平時考核獎懲互相抵銷後，累積達一大過以上。
四、曠職繼續達二日或累積達三日。

試用人員於試用期滿時，由主管人員考核，送由會長核定；其考核不及格者，於會長核定前，應先送人評會審查。

人評會辦理前項審查時，應調閱有關平時試用紀錄、案卷及查詢有關人員，並應通知考核不及格人員陳述意見。

試用不及格人員，自會長核定之日起解職。

農田水利會會長不得任用其配偶或三親等以內血親、姻親。但會長到職前已任用者，或經第十一條、第十二條考試錄取或經人評會評議陞任者，不在此限。

依前項但書任用之人員，不得擔任人事、輔導、財務、會計等職務。

有下列情事之一者，不得為農田水利會職員：
一、未具或喪失中華民國國籍。
二、動員戡亂時期終止後，曾犯內亂、外患罪，經判決確定或通緝有案尚未結案。
三、曾任公職有貪污行為，經判決確定或通緝有案尚未結案。
四、犯前二款以外之罪，判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行或執行未完畢者。但受緩刑宣告者，不在此限。
五、原任公務人員受休職、停職處分或農田水利會人員受停職處分，尚未期滿或原因尚未消滅。
六、褫奪公權尚未復權。
七、受監護或輔助宣告尚未撤銷。

職員任用後，有前項第一款至第六款情事之一者，應予免職；有前項第七款情事者，應依規定辦理退休或資遣。任用後發現其於任用前已有前項情事之一者，應撤銷任用。

前項撤銷任用人員，其任職期間之職務行為，不失其效力；業已依規定領取任職期間之薪給及其他給付，無須繳還。