主管機關為辦理農田水利事業及維護第十八條所定灌溉管理組織之營運，應設置農田水利事業作業基金，其來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、農田水利設施範圍內依第十二條第一項、第十三條第一項、第十四條第二項規定申請許可時所收取規費及依第二十五條規定向使用者收取費用之收入。
三、租金及利息收入。
四、資產處分或活化收益收入。
五、其他收入。

前項作業基金之用途如下：
一、農田水利事業之興辦、改善、保養及管理事項之支出。
二、農田水利事業災害之預防及搶救事務之支出。
三、農田水利事業人員人事費。
四、原農田水利會所屬農田水利設施所需使用土地之承租或用地取得事項之支出。
五、其他與農田水利事業有關支出。

第一項農田水利事業作業基金應依各農田水利事業分別設置專戶。

第一項各款收入免徵營業稅。

農田水利會改制後資產及負債由國家概括承受，並納入依前條第一項規定設置之農田水利事業作業基金管理。

前項資產移轉予農田水利事業作業基金管理時，免收一切稅捐。

為籌措農田水利事業經費，第一項由國家承受資產之使用、收益及處分均以活化收益方式辦理，不受國有財產法第二十八條、第四章及第六章之限制；其活化收益之項目、收費及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。各機關依法撥用者，應辦理有償撥用。

第一項資產不受土地徵收條例第四十三條第一項但書、平均地權條例第六十條第一項及農村社區土地重劃條例第十一條第二項有關公有土地無償撥充或抵充規定之限制。

農田水利會改制後，因地籍整理而發現之原屬農田水利會之土地，由該管直轄市或縣（市）地政機關逕為登記，其所有權人欄註明為國有，管理機關由主管機關指定所屬機關為之。

為維持農田水利設施營運所需，主管機關應以年度預算撥款至依第二十二條第一項規定設置之農田水利事業作業基金。

前項年度撥款之計算標準，由主管機關定之。

主管機關因應地形須以加壓供應灌溉用水者，得向使用者收取額外增加之操作及設施維護等相關費用。

前項收費標準由主管機關定之。

農田水利事業作業基金每年應提撥部分財產處分所得價款，辦理依第十一條第一項規定照舊使用土地之承租或用地取得。