依本條例規定，由動物防疫人員施行生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥而致死或流產，或撲殺之動物及銷燬之物品，除其所有人或管理人違反第十二條第一項之規定或未依動物防疫人員之指導者不予補償外，該管直轄市、縣（市）主管機關應組織評價委員會，評定其價格，並依下列基準發給補償費：
一、健康動物因生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥等措施致死或流產之屍體，依評價額以內補償之。
二、因疑患或可能感染動物傳染病所撲殺之動物，依評價額以內補償之。
三、為鑑定病因而撲殺之動物，依評價額以內補償之。
四、罹患動物傳染病所撲殺之動物，依評價額五分之三以內補償之。但所罹患之動物傳染病屬新發現，或國內已持續二年以上未有發生，首例主動通報者，撲殺之動物依評價額以內補償之。
五、銷燬之物件，依評價額二分之一以內補償之。
六、為控制動物傳染病，經主管機關同意送往屠宰場屠宰者，依評價額扣除實際銷售額之差價全額補償之。
前項評價委員會之組成人員及評價標準，由中央主管機關定之。
輸出入檢疫時依第一項第二款至第五款處理之動物或物品，或隔離留檢期間死亡之動物，不發給補償費。
第一項各款補償費，由直轄市或縣（市）主管機關負擔。但中央主管機關得予補助。
擅自輸入第三十三條第一項第一款規定禁止輸入之應施檢疫物者，處七年以下有期徒刑，得併科新臺幣三百萬元以下罰金。
前項禁止輸入之應施檢疫物，不問屬於何人所有，輸出入動物檢疫機關得於第一審法院宣告沒收前逕予沒入。
法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其他從業人員，因執行業務，犯第一項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以第一項之罰金。但法人之代表人或自然人對於犯罪之發生，已盡力為防止行為者，對該法人或自然人，不予處罰。
運輸工具所有人有前條第一項所定行為或因其故意或重大過失致使第三人以其運輸工具從事該項行為，而散播特定種類動物傳染病或有散播之虞者，其運輸工具應予沒入。
明知該運輸工具有前項情事，而仍取得所有權者，亦同。
第一項動物傳染病之特定種類，由中央主管機關公告之。
第一項之沒入，由查緝機關為之。
有下列情形之一者，處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得限期令其改善，屆期未改善者，得按次處罰之：
一、違反第十九條第一項規定，擅自將動物移出場外。
二、輸入人或其代理人違反第三十四條之一第二項規定，未依動物檢疫人員指示，於指定期間內將應受隔離檢疫動物送至動物隔離場所或其他指定場所隔離檢疫。
三、違反第三十四條之一第三項規定，未經輸出入動物檢疫機關許可，在隔離期間，擅自出入動物隔離場所或將受隔離之動物、相關檢疫物或藥品移出或移入動物隔離場所或其他指定場所。
四、車長、船長、機長、管理人或其職務代理人違反第三十五條第二項規定，未於起卸貨前先向動物檢疫人員報告或未依其指示執行必要之處置。
有前項各款所定行為致疫情蔓延或散播者，處三年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣一百萬元以下罰金。
法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其他從業人員，因執行業務，犯前項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以前項之罰金。但法人之代表人或自然人對於犯罪之發生，已盡其防止義務時，對該法人或自然人，不予處罰。
有下列情形之一者，處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得限期令其改善，屆期未改善者，得按次處罰之：
一、違反第十條之二規定，故意散播有關動物傳染病之謠言或不實訊息，足生損害於公眾或他人。
二、動物所有人、管理人或運輸業者違反第十二條第一項規定，未向動物防疫機關報告，或未依動物防疫人員指示完成必要處置。
三、持有、使用感染性生物材料者違反第十二條之一第二項規定，規避、妨礙或拒絕各級主管機關之輔導或查核。
四、獸醫師或獸醫佐違反中央主管機關依第十三條之一第一項規定之使用疫苗之種類、投與時機、附加標示、繳交、申報相關文件或移動管制或其他應施行防治措施；動物用藥品販賣業者販賣非屬中央主管機關依第十三條之一第一項規定之使用疫苗種類。
五、獸醫師或獸醫佐未依第十七條第一項規定，向當地動物防疫機關報告。
六、動物所有人或管理人違反第十九條第一項或第二項規定，未依動物防疫人員指導為動物之隔離、其他必要措施或將動物移出舍外或移入。
七、動物所有人或管理人違反第二十三條規定，未依動物防疫人員指示處置，或違反第二十六條第一項規定，未向動物防疫人員報告。
八、違反各級主管機關依第二十八條第一項規定公告之措施之一。
九、輸出檢疫物之所有人或管理人違反依第三十二條第三項所定辦法中有關檢疫程序、輸出登記、衛生管理、抽樣檢驗、疫情通報或查核之規定。
十、應施檢疫物之所有人或管理人違反依第三十二條第四項所定辦法中有關查核、飼養管理、通知或疫情通報之規定。
十一、應施檢疫物之輸入人或其代理人違反第三十四條第一項規定，未申請檢疫。
有下列情形之一者，處新臺幣二萬元以上十萬元以下罰鍰，並得限期令其改善，屆期未改善者，得按次處罰之：
一、化製場違反第十六條第一項第二款至第六款規定之一。
二、化製場或運輸業者之化製原料運輸車違反第十六條第二項第一款或第二款規定。
三、化製場或運輸業者違反依第十六條第三項所定辦法中有關化製場消毒設施與設備之設置、項目、消毒作業、契約應記載事項，或運輸車消毒設備、防漏密閉設備、合格證黏貼、查核、通報、化製原料裝卸、載運作業之規定。
四、船長或其職務代理人違反第三十五條第三項規定，於依第二十五條規定處理時，未詳記於航海日誌。
五、檢疫物之輸出人或其代理人違反第三十六條第一項規定，未申請檢疫。
六、違反第三十八條之一規定，未依輸出入動物檢疫機關核准之方式運送或銷燬廚餘。
有下列情形之一者，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並得限期令其改善，屆期未改善者，得按次處罰之：
一、所有人或關係人規避、妨礙或拒絕動物防疫人員或動物檢疫人員依第九條第一項或第二項規定所為之檢查、查閱或查詢。
二、動物所有人或管理人違反第十三條第一項、第二項或第四項規定，故意破壞、偽造所附加記號、標示或證明文件，或不為動物防治措施或規避、妨礙或拒絕動物防疫人員或執業獸醫師施行防治措施之指示。
三、動物所有人或管理人違反中央主管機關依第十三條之一第一項規定之使用疫苗之種類、投與時機、附加標示、繳交、申報相關文件或移動管制或其他應施行防治措施。
四、動物所有人或管理人違反第十四條第一項規定，未依直轄市或縣（市）主管機關命令，於指定區域內實施防治措施。
五、動物運輸業者未依第十四條第二項規定實施清洗、消毒措施，不符第十四條第三項公告之清洗、消毒措施，或產銷業者未依第十四條第四項規定使用一次性之裝載容器或包材，經勸導拒不改善或一年內再次違反。
六、任何人違反中央主管機關依第十四條之一規定公告之禁止事項。
七、動物所有人或管理人違反第十五條規定，未依直轄市或縣（市）主管機關之命令提供動物剖驗，或未依動物防疫人員指導燒燬、掩埋動物屍體。
八、動物所有人或管理人違反第二十條第一項或第三項準用第一項第一款規定，未依動物防疫人員之指導，撲殺、燒燬、掩埋、消毒、化製或其他必要之處置。
九、動物所有人或管理人違反第二十二條規定，未依指示控制動物之行動或提供其他必要協助，或規避、妨礙或拒絕其指示。
十、違反第二十四條規定，擅自開掘掩埋地點或燬損標識。
十一、違反直轄市、縣（市）主管機關依第二十九條規定所為之命令。
十二、指定應施檢疫物之輸入人或其代理人違反第三十三條第一項第二款或同條第三項所定準則中有關輸入檢疫同意文件申請之規定，未於輸入前申請核發輸入檢疫同意文件。
十三、收件人違反第三十四條第三項規定，未將郵遞寄送輸入之應施檢疫物送交輸出入動物檢疫機關銷燬。
十四、應施檢疫物之輸入人或其代理人違反第三十四條第四項規定，未經輸出入動物檢疫機關核准，擅自破壞應施檢疫物包裝、移動或為其他可能傳播動物傳染病之行為。
十五、動物之輸出入人或其代理人違反第三十四條之一第一項規定，未先請准排妥動物隔離場所或其他指定場所而輸出入動物。
十六、應施檢疫物所有人或其代理人或管理人違反第三十四條之三第一項規定，於應施檢疫物過境或轉口前，未先向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。
十七、車長、船長、機長、管理人或其職務代理人違反第三十五條第一項規定，規避、妨礙或拒絕動物檢疫人員採取必要之處置。
十八、違反第三十八條之三規定，未依輸出入動物檢疫機關之公告採取措施。
旅客或服務於車、船、航空器人員未依第三十四條第二項規定申請檢疫者，處新臺幣一萬元以上一百萬元以下罰鍰。
本條例所定之罰鍰，由直轄市、縣（市）主管機關或輸出入動物檢疫機關處罰之。