申請人或其代理人申請延長檢疫作業者，依下列規定辦理：
一、延長作業依工作性質區分為檢疫延長作業及動物隔離檢疫延長作業。
二、延長作業時間區分如下：
（一）平常日延長作業時間為上午六時至上班前，中午休息時間及下班後至下午十時前。
（二）假日延長作業時間為上午六時至下午十時。
（三）特別延長作業時間為每日下午十時後至翌日上午六時前。
三、檢疫延長作業費依下列規定計收：
（一）平常日延長作業費每批二百元。
（二）假日延長作業費每批一千元。
（三）特別延長作業費每批二千元。
（四）執行檢疫業務跨越前款不同作業時間者，僅收較高延長作業費之費用。
四、動物隔離檢疫延長作業費依下列規定計收：
（一）平常日延長作業費每次二千元。
（二）假日延長作業費每次二千五百元。
（三）特別延長作業費每次三千元。
五、經核准註銷延長作業者，其所繳之延長作業費應發還，或於其次批檢疫物品申請檢疫時予以抵繳，並在申請書內註明。
六、第三款所定按批計收之檢疫延長作業費，同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，其應繳延長作業費，按一批計收。
七、旅客及服務於車、船、航空器人員隨身攜帶動植物檢疫物品輸入，在攜帶檢疫作業辦法第二條第一項所訂限額內，不另計收延長作業費。