動植物檢疫機關派員執行臨場檢疫、檢疫處理、押運、設施或場地審查等檢疫業務，依下列規定計收臨場費：
一、每人每次五百元。但無法於當日往返者，其費用依國內出差旅費報支要點規定之各項費用基準計收。
二、每批檢疫物品計收檢疫人員一人次之臨場費。
三、同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，計收檢疫人員一人次之臨場費。

前項各款情形於檢疫物品數量過多，非一人一日所能完成者，動植物檢疫機關得依實際派員及日數，計收臨場費。

動植物檢疫機關於港、站之倉儲、貨櫃場或其他場所設置派駐辦公處所，並派員執行檢疫業務者，免收臨場費。

輸出入動物須送動植物檢疫機關所備場所隔離檢疫者，或經核准在其他指定場所隔離檢疫者，依附表一動物繫留費收費基準計收動物繫留費。

逾越檢疫繫留規定時限後之繫留費，依延長繫留日數計收場地費及延長作業費。

在其他指定場所隔離者，經檢疫機關派員臨場檢疫者，依前條第一項及第二項規定計收臨場費，免收場地費。

輸出入之動物在隔離檢疫期間死亡，其屍體經焚燬處理者，依附表二動物屍體焚燬費收費基準計收動物屍體焚燬費。

申請人或其代理人申請延長檢疫作業者，依下列規定辦理：
一、延長作業依工作性質區分為檢疫延長作業及動物隔離檢疫延長作業。
二、延長作業時間區分如下：
（一）平常日延長作業時間為上午六時至上班前，中午休息時間及下班後至下午十時前。
（二）假日延長作業時間為上午六時至下午十時。
（三）特別延長作業時間為每日下午十時後至翌日上午六時前。
三、檢疫延長作業費依下列規定計收：
（一）平常日延長作業費每批二百元。
（二）假日延長作業費每批一千元。
（三）特別延長作業費每批二千元。
（四）執行檢疫業務跨越前款不同作業時間者，僅收較高延長作業費之費用。
四、動物隔離檢疫延長作業費依下列規定計收：
（一）平常日延長作業費每次二千元。
（二）假日延長作業費每次二千五百元。
（三）特別延長作業費每次三千元。
五、經核准註銷延長作業者，其所繳之延長作業費應發還，或於其次批檢疫物品申請檢疫時予以抵繳，並在申請書內註明。
六、第三款所定按批計收之檢疫延長作業費，同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，其應繳延長作業費，按一批計收。
七、旅客及服務於車、船、航空器人員隨身攜帶動植物檢疫物品輸入，在攜帶檢疫作業辦法第二條第一項所訂限額內，不另計收延長作業費。

輸出入之檢疫物品經檢疫後，認須再為下列處理者，依下列規定計收檢疫處理費：
一、燻蒸、消毒，依附表三計收檢疫處理費。
二、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬：依實際支出計收檢疫處理費。

輸出入檢疫案件，除臨櫃自行繕打申請書或網路申報者外，每一申請案件計收申報資料鍵輸費一百元。