檢疫費按輸出檢疫物品離岸價格或輸入檢疫物品完稅價格之千分之一計收。但輸入檢疫物品為小麥、大麥、玉米、黃豆者，按其完稅價格之千分之○．五計收。

輸出動植物特定疫病或有害生物之採樣檢查，其費用依下列規定按每批每種動物疫病或植物有害生物收取。但動物特定疫病檢查有急迫需求者，加倍計收之：
一、酵素結合免疫吸附法，計收一千元。
二、聚合酶連鎖反應試驗，計收一千六百元。
三、反轉錄聚合酶連鎖反應試驗，計收二千一百元。
四、即時反轉錄聚合酶連鎖反應試驗，計收三千一百元。
五、病毒分離試驗，計收三千六百元。

檢疫物品之輸出人、輸入人（以下簡稱申請人）或其代理人應於申請檢疫時，繳驗結匯證件或其他銷貨證件，以憑計收檢疫費。未能於申請檢疫時繳驗者，得於發證前補行繳驗。但經有關機關授權產銷團體統一計價者，得免繳驗。

免辦輸入、輸出許可證之檢疫物品，其檢疫費依下列規定計收：
一、輸入檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗經報關人簽章之外貨進口報單或國外出口商商業發票等結匯證件計收。
二、輸出檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗信用狀或經報關人簽章之國貨出口報單計收。但在廠場當地申請檢疫者，依繳驗國內銷貨發票、商業發票或其他價格證明計收。

檢疫物品有下列情形之一者，免收檢疫費：
一、軍用物資持有軍事機關證明文件。
二、進口軍、公糧食持有糧政機關證明文件。
三、在旅客及服務於車船航空器人員攜帶動植物檢疫物檢疫作業辦法（以下簡稱攜帶檢疫作業辦法）第二條第一項及經郵寄方式輸出入植物檢疫物檢疫作業辦法（以下簡稱郵寄檢疫作業辦法）第二條第一項第一款所定限額內。
四、輸出生鮮、冷藏或冷凍畜禽肉類已繳納屠宰衛生檢查費。

輸出檢疫物品以外幣為貨款者，按財政部關務署訂定每旬報關適用外幣匯率表換算為新臺幣，核計檢疫費。