環境監測及資訊處分設四科，其掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境品質監測之策劃、指導及監督事項。
（二）關於環境品質監測系統之管制及維護事項。
（三）關於環境品質監測資料之分析、判定、公告及運用事項。
（四）關於全國性環境品質調查策劃、指導及監督事項。
（五）關於環境品質警報發布之指導及監督事項。
（六）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於全國空氣品質監測系統營運及品保事項。
（二）關於全國性空氣品質監測系統之規劃及設置事項。
（三）關於各級環保機關空氣品質監測之督導考核事項。
（四）關於空氣品質監測資料之處理、分析、運用、發布、公告及保管事項。
（五）關於空氣品質監測季報及年報之彙編事項。
（六）關於空氣品質監測儀器之研究發展及技術引進事項。
三、第三科：
（一）關於本署資訊系統之規劃、分析、設計、程式編撰、測試、維護事項。
（二）關於本署資訊系統應用手冊、操作手冊之研訂及彙編事項。
（三）關於本署區域網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。
（四）關於本署電子計算機、系統程式之建立及更新審核事項。
（五）關於本署地理資訊系統及「國土資訊系統『環境品質資料庫分組』」之執行事項。
（六）關於本署電子郵件及資訊應用系統使用帳號之設立及維護管理事項。
（七）關於本署電子處理資料相關管理規定措施之研訂事項。
四、第四科：
（一）關於全國共通性環境保護資訊系統之規劃、協調及推動事項。
（二）關於直轄市、縣（市）環境保護機關資訊作業之輔導及考核事項。
（三）關於本署個人電腦與週邊設備等軟硬體之統籌規劃、配置及維護事項。
（四）關於全國環保資訊網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。
（五）關於環境保護資料庫之設計、規劃、執行及維護事項。
（六）關於全國環保資訊電子化作業之規劃管理及執行事項。