綜合計畫處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境保護中、長程計畫之研訂及彙編事項。
（二）關於本署年度施政方針、施政計畫及施政報告之研訂、彙編事項。
（三）關於直轄市、縣（市）政府環境保護年度施政計畫之審核事項。
（四）關於環境保護人力之規劃事項。
（五）關於環境保護基本法之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（六）關於一般環境保護人員培訓計畫之督導事項。
（七）關於環境保護政策、方案之研訂及推動事項。
（八）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境保護年鑑、年報之彙編事項。
（二）關於環境保護科技研究發展計畫之研訂、彙編及審議事項。
（三）關於環境保護技術交流之策劃、推動及協調事項。
（四）關於國際合作事務之策劃、推動、協調及執行事項。
（五）關於圖書資料之蒐集及管理事項。
（六）關於環境保護人員出國計畫及報告之審議事項。
（七）關於海峽兩岸交流與配合經濟部主管環境保護人員出國之推動及協助事項。
三、第三科：
（一）關於環境保護教育政策、方案之研訂及推動事項。
（二）關於環境保護宣導計畫之研訂、督導、執行及評估事項。
（三）關於環境保護教育輔助教材之編訂及推廣事項。
（四）關於環境保護社團、財團之監督、輔導、聯繫及獎勵事項。
（五）關於環境保護事業之聯繫、監督及獎勵事項。
（六）關於環境保護之民意調查事項。
四、第四科：
（一）關於環境影響評估法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於環境影響評估專業人員之講習及技術手冊之編訂事項。
（三）關於環境影響評估報告之審核事項。
（四）關於環境影響評估開發行為之監督事項。
（五）關於自然保育之規劃、聯繫、推動及協調事項。
（六）關於環境基本資料之調查、蒐集、管理、研析及報告事項。
（七）關於其他有關環境影響評估事項。

空氣品質保護及噪音管制處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於空氣品質保護政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於空氣品質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於空氣污染物之分布與影響之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於空氣品質保護相關研究發展與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（五）關於空氣品質之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（六）關於全國空氣品質保護年報之彙編事項。
（七）關於空氣污染防制費徵收及運用之規劃事項。
（八）關於全球大氣國際環境保護公約之因應及推動相關事項。
（九）關於空氣污染對人體、環境及生態影響之資料蒐集、管理、研析及報告事項。
（十）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於固定污染源空氣污染與惡臭之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口固定污染源空氣污染防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於固定污染源之許可、登記及管理規劃事項。
（八）其他固定污染源空氣污染及惡臭防治事項。
三、第三科：
（一）關於交通工具空氣污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於交通工具空氣污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於交通工具空氣污染之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於交通工具空氣污染防治技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於交通工具空氣污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口交通工具空氣污染防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於新型車輛排放空氣污染物合格證明文件之核發事項。
（八）關於其他交通工具空氣污染防治事項。
四、第四科：
（一）關於噪音、振動管制與非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於噪音、振動管制與非屬原子能游離輻射之輻射污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於噪音、振動之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於噪音、振動管制技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於噪音、振動與非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口噪音防治設備、振動防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於新型車輛噪音合格證明文件之核發事項。
（八）關於全國噪音、振動管制年報之編撰事項。
（九）關於其他噪音及振動管制事項。

水質保護處分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於河川、湖庫水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於水質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於河川、湖庫水質影響調查、監測及水質標準之擬訂事項。
（四）關於水區及水污染管制區之劃定及總量管制方式之審核事項。
（五）關於非點源污染防治之規劃及督導事項。
（六）關於水污染管制區污染行為之管制督導事項。
（七）關於水體水質保護科技發展及水質模式之研發應用事項。
（八）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於廢水污染源管制政策、計畫之擬訂、推動及督導事項。
（二）關於廢水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
（三）關於廢水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
（四）關於工廠、礦場事業廢水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於水污染防治費徵收、運用之規劃及督導事項。
三、第三科：
（一）關於污水污染源管制政策及計畫之擬訂、推動及督導事項。
（二）關於建築物污水處理設施之管理事項。
（三）關於污水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
（四）關於污水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於污水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
四、第四科：
（一）關於海洋保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於海洋污染之調查、監測與資料之研析及運用事項。
（三）關於海洋污染防治計畫之規劃、審核、推動、協調及督導事項。
（四）關於海洋污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於廢（污）水海洋放流之審核及督導事項。
（六）關於廢棄物投棄海洋之審核及督導事項。
五、第五科：
（一）關於河川流域污染整治專案計畫之擬訂、規劃、審核、宣導、推動、協調及督導事項。
（二）關於河川污染整治專案計畫之調查及資料之研析運用事項。
（三）關於整治專案計畫之廢（污）水河川放流之許可、申報及管制督導事項。
六、第六科：
（一）關於地下水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於地下水污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於地下水污染之調查評估、管制、整治復育與財務等措施之規劃、推動、督導、審核及執行事項。
（四）關於地盤下陷所致污染防治之策劃、指導及監督事項。

廢棄物管理處分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於一般廢棄物減量與資源回收政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於一般廢棄物減量與資源回收管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於一般廢棄物減量與資源回收之審核、督導、獎勵及管制事項。
（四）關於一般廢棄物減量、資源回收之調查與資料之蒐集、管理及研析事項。
（五）關於一般廢棄物資源回收設施之規劃、督導、執行及評估事項。
（六）關於其他一般廢棄物減量及資源回收管理事項。
（七）關於一般廢棄物減量回收再生之技術發展及資料蒐集事項。
（八）關於一般廢棄物前分類廠設置計畫之推動事項。
（九）關於非生產事業之機關、機構進口一般廢棄物回收設備用途證明之核發事項。
（十）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於一般廢棄物管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於一般廢棄物管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於一般廢棄物清除處理之規劃事項。
（四）關於一般廢棄物清除處理費徵收工作之推動事項。
（五）關於一般廢棄物處理場（廠）操作、維護技術之發展及資料之蒐集事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口一般廢棄物防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於其他一般廢棄物管理事項。
三、第三科：
（一）關於事業廢棄物管理政策與方案之研訂、推動、督導及評估事項。
（二）關於事業廢棄物管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於事業廢棄物流向追蹤、調查與資料蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於工業減廢之推動事項。
（五）關於其他事業廢棄物綜合管理事項。
四、第四科：
（一）關於公民營廢棄物清除處理機構管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於公民營廢棄物清除處理機構進口廢棄物清理設備用途證明之核發事項。
（三）關於公民營廢棄物清除處理業購置自動化、資源回收或防治污染設備或技術投資抵減證明書之核發事項。
（四）關於廢棄物清除處理設施之規劃事項。
（五）關於其他事業廢棄物管理事項。
五、第五科：
（一）關於事業廢棄物輸入輸出管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於事業廢棄物輸入輸出管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於有害事業廢棄物輸入、輸出、過境及轉口之審核許可事項。
（四）關於事業廢棄物再利用管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（五）關於事業廢棄物再利用管理法規之解釋及宣導事項。
（六）關於廢棄物非法棄置行為之管理政策、方案與計畫之研訂事項。
（七）關於其他輸入、輸出、再利用及非法棄置相關事項。
六、第六科：
（一）關於土壤污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於土壤污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於土壤污染之防治、調查評估、管制、整治與財務措施之規劃、推動、督導、審核及執行事項。
（四）關於其他土壤污染防治事項。

環境衛生及毒物管理處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境用藥政策、方案與措施之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於環境用藥管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於環境用藥評估技術之研究發展與調查資料之蒐集、研析及報告事項。
（四）關於環境用藥管理證照制度之規劃、審核、督導及執行事項。
（五）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於毒性化學物質管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於毒性化學物質管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於毒性化學物質管理技術之研究發展與調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於毒性化學物質管理措施之規劃、研訂、指導、監督及執行事項。
（五）關於毒性化學物質管理證照制度之規劃、審核、督導及執行事項。
（六）關於毒性化學物質災害防救政策、方案與計畫之研訂、推動、督導及執行事項。
三、第三科：
（一）關於飲用水管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於飲用水管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於飲用水管理技術之研究發展與調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於飲用水管理措施之研訂、指導、監督及執行事項。
四、第四科：
（一）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理政策、方案、計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於環境衛生改善與居家環境蟲鼠管理技術之研究發展、調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理措施之規劃、研訂、指導、監督及執行事項。
（五）關於天然災害環境污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於環境衛生與環境蟲鼠管理之規劃及協調事項。

管制考核及糾紛處理處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於直轄市、縣（市）環境保護機關執行全國性重要環境保護政策、方案、計畫、措施及法規之管制考核事項。
（二）關於環境保護事務管制考核制度、技術之研究發展事項。
（三）關於上級機關列管案件之追蹤事項。
（四）關於其他列管案件之追蹤考核事項。
（五）關於環境保護管制考核工作之協調配合事項。
（六）關於環境保護事務管制考核人員協調連繫之規劃事項。
（七）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境保護事務之調查、協調、分析、報告事項。
（二）關於環境保護案件重大陳情之調查事項。
（三）關於環境工程技師簽證之查核事項。
（四）關於人民陳情案件處理之調查及管制考核事項。
（五）關於環保標章技術、制度之規劃、研發、推動及追蹤考核事項。
（六）關於配合宣導、推廣環境管理系列標準之建立事項。
三、第三科：
（一）關於公害糾紛事件鑑定與處理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於重大公害糾紛事件之協助鑑定、處理、追蹤及考核事項。
（三）關於公害糾紛事件處理資料之蒐集、管理及研析事項。
（四）關於公害糾紛事件鑑定與處理技術之研究發展事項。
（五）關於公害救濟制度之研究規劃事項。

環境監測及資訊處分設四科，其掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境品質監測之策劃、指導及監督事項。
（二）關於環境品質監測系統之管制及維護事項。
（三）關於環境品質監測資料之分析、判定、公告及運用事項。
（四）關於全國性環境品質調查策劃、指導及監督事項。
（五）關於環境品質警報發布之指導及監督事項。
（六）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於全國空氣品質監測系統營運及品保事項。
（二）關於全國性空氣品質監測系統之規劃及設置事項。
（三）關於各級環保機關空氣品質監測之督導考核事項。
（四）關於空氣品質監測資料之處理、分析、運用、發布、公告及保管事項。
（五）關於空氣品質監測季報及年報之彙編事項。
（六）關於空氣品質監測儀器之研究發展及技術引進事項。
三、第三科：
（一）關於本署資訊系統之規劃、分析、設計、程式編撰、測試、維護事項。
（二）關於本署資訊系統應用手冊、操作手冊之研訂及彙編事項。
（三）關於本署區域網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。
（四）關於本署電子計算機、系統程式之建立及更新審核事項。
（五）關於本署地理資訊系統及「國土資訊系統『環境品質資料庫分組』」之執行事項。
（六）關於本署電子郵件及資訊應用系統使用帳號之設立及維護管理事項。
（七）關於本署電子處理資料相關管理規定措施之研訂事項。
四、第四科：
（一）關於全國共通性環境保護資訊系統之規劃、協調及推動事項。
（二）關於直轄市、縣（市）環境保護機關資訊作業之輔導及考核事項。
（三）關於本署個人電腦與週邊設備等軟硬體之統籌規劃、配置及維護事項。
（四）關於全國環保資訊網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。
（五）關於環境保護資料庫之設計、規劃、執行及維護事項。
（六）關於全國環保資訊電子化作業之規劃管理及執行事項。

秘書室分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於公文收發、分辦及繕校事項。
（二）關於印信典守事項。
（三）關於本署公報之發行事項。
（四）關於檔案分類編目事項。
（五）關於檔案整理事項。
（六）關於檔案調閱、典藏事項。
（七）關於檔案資料登錄、統計事項。
（八）關於檔案清理事項。
（九）關於檔案業務之整體規劃事項。
（十）其他有關檔案管理事項。
二、第二科：
（一）關於物品採購及領發事項。
（二）關於營繕工程事項。
（三）關於司機、技工、工友之管理事項。
（四）關於車輛調配使用及管理事項。
（五）關於辦公廳舍保養及環境衛生事項。
（六）關於勞工保險事項。
（七）關於會議場所之佈置及管理事項。
（八）其他不屬各處、室及本室其他各科之事項。
三、第三科：
（一）關於公有財產、物品之管理及核發事項。
（二）關於各項財產表冊之編製、盤點及報廢事項。
（三）關於辦公廳舍及公有財物安全之防護事項。
（四）關於財物之驗收、登記及保管事項。
（五）關於經費之出納事項。
（六）關於票據、有價證券之保管事項。
（七）關於零用金之處理事項。
（八）關於員工薪津及實物代金之發放事項。
（九）關於公庫與銀行往來帳戶之登記事項。
（十）關於規費之收繳事項。

人事室掌理事項如下：
一、關於組織編制之擬辦事項。
二、關於人事規章之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
三、關於職員任免、遷調、銓審及動態之擬辦事項。
四、關於工作簡化之推行事項。
五、關於職員待遇、福利、退休、資遣、撫卹及公務人員保險、全民健康保險之擬辦事項。
六、關於職員考績、獎懲、差假及勤惰管理之擬辦事項。
七、關於職員訓練、進修、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
八、關於職員人事資料登記、保管、分析及運用事項。
九、關於本署與所屬機關職員出入境案件之擬辦事項
十、其他有關人事管理事項。

政風室掌理事項如下：
一、關於本署政風法令之擬訂、修正及解釋事項。
二、關於本署政風法令之宣導事項。
三、關於本署員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、關於本署政風興革之建議事項。
五、關於本署政風考核獎懲之建議事項。
六、關於本署公務機密之維護事項。
七、關於危害或破壞本署事件之預防及陳情請願之協助處理事項。
八、其他有關政風事項。

會計室掌理事項如下：
一、關於經費收支預算之籌編、分配及控制事項。
二、關於會計事務之處理、會計報告及年度決算之編製事項。
三、關於原始憑證之查核、保管及送審事項。
四、關於營繕工程購置、定製、變賣財物之招標、比價、議價與驗收之會同監辦及經費開支之內部審核事項。
五、關於本署所屬機關會計業務之督導及查核事項。
六、關於本署所屬機關公款支付期限查核事項。
七、關於本署及所屬機關會計人員任免、遷調、考核及獎懲案件之擬辦事項。
八、其他有關會計、歲計事項。

統計室掌理事項如下：
一、關於環境保護統計發展計畫、統計範圍劃分方案、統計標準之研擬及推行事項。
二、關於環境保護公務統計之設計及推行事項。
三、關於環境保護統計調查計畫之研訂及推行事項。
四、關於環境保護統計刊物之編報（印）事項。
五、關於統計資料之蒐集、管理、發布、提供及會核事項。
六、關於統計資料檔（含統計資料庫）之設置及管理事項。
七、關於本署與所屬機關統計人員任免、遷調、考核及獎懲案件之擬辦事項。
八、其他有關統計事項。

環境督察總隊分設七科及北、中、南區環境督察大隊，各科及各區環境督察大隊掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境污染源抽查及複查業務之綜合規劃事項。
（二）關於污染防治（制）執行之協調及監督業務之綜合規劃事項。
（三）關於業務執行之管制考核事項。
（四）關於業務執行之新聞協調處理及綜合性業務事項。
（五）不屬於本總隊其他各科及各區環境督察大隊之事項。
二、第二科：
（一）關於環境影響評估書件及審查結論執行之監督事項。
（二）關於生活環境改造計畫執行之協調及監督事項。
（三）關於營建工地、砂石場（車）空氣污染管制執行之協調及監督事項。
三、第三科：
（一）關於水質管理執行之協調及監督事項。
（二）關於重點河川污染整治執行之協調及監督事項。
（三）關於建築物污水處理設施之審查事項。
（四）關於水污染防治執行之協調及監督事項。
四、第四科：
（一）關於事業廢棄物污染管制執行之協調及監督事項。
（二）關於事業廢棄物非法棄置場址之污染調查處理事項。
（三）關於廚餘再利用之推動及執行事項。
（四）關於建築廢棄物與巨大家具處理之規劃、協調及監督事項。
（五）關於公民營廢棄物清除處理機構申請案件之彙整事項。
五、第五科：
（一）關於一般廢棄物污染管制執行之協調及監督事項。
（二）關於垃圾處理計畫執行之協調及監督事項。
（三）關於跨區垃圾處理之協調及監督事項。
（四）關於一般廢棄物處理場興建與營運管理計畫審查之協調及監督事項。
（五）關於垃圾場封閉、復育及綠（美）化事項。
（六）關於河川行水區內垃圾之處理事項。
六、第六科：
（一）關於海洋污染處理之協調及監督事項。
（二）關於毒性化學物質災害處理之協調及監督事項。
（三）關於公害陳情及公害糾紛之通報管制事項。
（四）關於天然災害與災後環境復建（含飲用水水質抽驗及自來水事業災情通報）之協調及監督事項。
（五）關於土壤及地下水污染緊急措施、列管與整治之協調及監督事項。
（六）關於清潔人員安全衛生及福利事項。
七、第七科：
（一）關於環境監測調查業務綜合規劃事項。
（二）關於河川、湖泊、水庫、海洋、土壤及地下水污染監測執行之督導事項。
（三）關於飲用水（含自來水）水質及包裝水、盛裝水水源水質稽查調查執行之督導事項。
（四）關於環境督察資訊系統之規劃、建制及管理維護事項。
（五）關於地方共通性環保應用資訊系統之推廣、協助及考核事項。
八、北、中、南區環境督察大隊：
（一）第一隊：
（二）第二隊、第三隊及第四隊：
（三）第五隊：
（四）第六隊：