空氣品質保護及噪音管制處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於空氣品質保護政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於空氣品質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於空氣污染物之分布與影響之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於空氣品質保護相關研究發展與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（五）關於空氣品質之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（六）關於全國空氣品質保護年報之彙編事項。
（七）關於空氣污染防制費徵收及運用之規劃事項。
（八）關於全球大氣國際環境保護公約之因應及推動相關事項。
（九）關於空氣污染對人體、環境及生態影響之資料蒐集、管理、研析及報告事項。
（十）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於固定污染源空氣污染與惡臭之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於固定污染源空氣污染與惡臭防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口固定污染源空氣污染防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於固定污染源之許可、登記及管理規劃事項。
（八）其他固定污染源空氣污染及惡臭防治事項。
三、第三科：
（一）關於交通工具空氣污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於交通工具空氣污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於交通工具空氣污染之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於交通工具空氣污染防治技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於交通工具空氣污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口交通工具空氣污染防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於新型車輛排放空氣污染物合格證明文件之核發事項。
（八）關於其他交通工具空氣污染防治事項。
四、第四科：
（一）關於噪音、振動管制與非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於噪音、振動管制與非屬原子能游離輻射之輻射污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於噪音、振動之調查與資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於噪音、振動管制技術之研究發展及資料之蒐集事項。
（五）關於噪音、振動與非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口噪音防治設備、振動防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於新型車輛噪音合格證明文件之核發事項。
（八）關於全國噪音、振動管制年報之編撰事項。
（九）關於其他噪音及振動管制事項。