水質保護處分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於河川、湖庫水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於水質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於河川、湖庫水質影響調查、監測及水質標準之擬訂事項。
（四）關於水區及水污染管制區之劃定及總量管制方式之審核事項。
（五）關於非點源污染防治之規劃及督導事項。
（六）關於水污染管制區污染行為之管制督導事項。
（七）關於水體水質保護科技發展及水質模式之研發應用事項。
（八）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於廢水污染源管制政策、計畫之擬訂、推動及督導事項。
（二）關於廢水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
（三）關於廢水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
（四）關於工廠、礦場事業廢水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於水污染防治費徵收、運用之規劃及督導事項。
三、第三科：
（一）關於污水污染源管制政策及計畫之擬訂、推動及督導事項。
（二）關於建築物污水處理設施之管理事項。
（三）關於污水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
（四）關於污水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於污水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
四、第四科：
（一）關於海洋保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於海洋污染之調查、監測與資料之研析及運用事項。
（三）關於海洋污染防治計畫之規劃、審核、推動、協調及督導事項。
（四）關於海洋污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（五）關於廢（污）水海洋放流之審核及督導事項。
（六）關於廢棄物投棄海洋之審核及督導事項。
五、第五科：
（一）關於河川流域污染整治專案計畫之擬訂、規劃、審核、宣導、推動、協調及督導事項。
（二）關於河川污染整治專案計畫之調查及資料之研析運用事項。
（三）關於整治專案計畫之廢（污）水河川放流之許可、申報及管制督導事項。
六、第六科：
（一）關於地下水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
（二）關於地下水污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於地下水污染之調查評估、管制、整治復育與財務等措施之規劃、推動、督導、審核及執行事項。
（四）關於地盤下陷所致污染防治之策劃、指導及監督事項。