廢棄物管理處分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於一般廢棄物減量與資源回收政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於一般廢棄物減量與資源回收管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於一般廢棄物減量與資源回收之審核、督導、獎勵及管制事項。
（四）關於一般廢棄物減量、資源回收之調查與資料之蒐集、管理及研析事項。
（五）關於一般廢棄物資源回收設施之規劃、督導、執行及評估事項。
（六）關於其他一般廢棄物減量及資源回收管理事項。
（七）關於一般廢棄物減量回收再生之技術發展及資料蒐集事項。
（八）關於一般廢棄物前分類廠設置計畫之推動事項。
（九）關於非生產事業之機關、機構進口一般廢棄物回收設備用途證明之核發事項。
（十）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於一般廢棄物管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於一般廢棄物管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於一般廢棄物清除處理之規劃事項。
（四）關於一般廢棄物清除處理費徵收工作之推動事項。
（五）關於一般廢棄物處理場（廠）操作、維護技術之發展及資料之蒐集事項。
（六）關於非生產事業之機關、機構進口一般廢棄物防治設備用途證明之核發事項。
（七）關於其他一般廢棄物管理事項。
三、第三科：
（一）關於事業廢棄物管理政策與方案之研訂、推動、督導及評估事項。
（二）關於事業廢棄物管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於事業廢棄物流向追蹤、調查與資料蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於工業減廢之推動事項。
（五）關於其他事業廢棄物綜合管理事項。
四、第四科：
（一）關於公民營廢棄物清除處理機構管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於公民營廢棄物清除處理機構進口廢棄物清理設備用途證明之核發事項。
（三）關於公民營廢棄物清除處理業購置自動化、資源回收或防治污染設備或技術投資抵減證明書之核發事項。
（四）關於廢棄物清除處理設施之規劃事項。
（五）關於其他事業廢棄物管理事項。
五、第五科：
（一）關於事業廢棄物輸入輸出管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於事業廢棄物輸入輸出管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於有害事業廢棄物輸入、輸出、過境及轉口之審核許可事項。
（四）關於事業廢棄物再利用管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（五）關於事業廢棄物再利用管理法規之解釋及宣導事項。
（六）關於廢棄物非法棄置行為之管理政策、方案與計畫之研訂事項。
（七）關於其他輸入、輸出、再利用及非法棄置相關事項。
六、第六科：
（一）關於土壤污染防治政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於土壤污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於土壤污染之防治、調查評估、管制、整治與財務措施之規劃、推動、督導、審核及執行事項。
（四）關於其他土壤污染防治事項。