管制考核及糾紛處理處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於直轄市、縣（市）環境保護機關執行全國性重要環境保護政策、方案、計畫、措施及法規之管制考核事項。
（二）關於環境保護事務管制考核制度、技術之研究發展事項。
（三）關於上級機關列管案件之追蹤事項。
（四）關於其他列管案件之追蹤考核事項。
（五）關於環境保護管制考核工作之協調配合事項。
（六）關於環境保護事務管制考核人員協調連繫之規劃事項。
（七）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境保護事務之調查、協調、分析、報告事項。
（二）關於環境保護案件重大陳情之調查事項。
（三）關於環境工程技師簽證之查核事項。
（四）關於人民陳情案件處理之調查及管制考核事項。
（五）關於環保標章技術、制度之規劃、研發、推動及追蹤考核事項。
（六）關於配合宣導、推廣環境管理系列標準之建立事項。
三、第三科：
（一）關於公害糾紛事件鑑定與處理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於重大公害糾紛事件之協助鑑定、處理、追蹤及考核事項。
（三）關於公害糾紛事件處理資料之蒐集、管理及研析事項。
（四）關於公害糾紛事件鑑定與處理技術之研究發展事項。
（五）關於公害救濟制度之研究規劃事項。