環境督察總隊分設七科及北、中、南區環境督察大隊，各科及各區環境督察大隊掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境污染源抽查及複查業務之綜合規劃事項。
（二）關於污染防治（制）執行之協調及監督業務之綜合規劃事項。
（三）關於業務執行之管制考核事項。
（四）關於業務執行之新聞協調處理及綜合性業務事項。
（五）不屬於本總隊其他各科及各區環境督察大隊之事項。
二、第二科：
（一）關於環境影響評估書件及審查結論執行之監督事項。
（二）關於生活環境改造計畫執行之協調及監督事項。
（三）關於營建工地、砂石場（車）空氣污染管制執行之協調及監督事項。
三、第三科：
（一）關於水質管理執行之協調及監督事項。
（二）關於重點河川污染整治執行之協調及監督事項。
（三）關於建築物污水處理設施之審查事項。
（四）關於水污染防治執行之協調及監督事項。
四、第四科：
（一）關於事業廢棄物污染管制執行之協調及監督事項。
（二）關於事業廢棄物非法棄置場址之污染調查處理事項。
（三）關於廚餘再利用之推動及執行事項。
（四）關於建築廢棄物與巨大家具處理之規劃、協調及監督事項。
（五）關於公民營廢棄物清除處理機構申請案件之彙整事項。
五、第五科：
（一）關於一般廢棄物污染管制執行之協調及監督事項。
（二）關於垃圾處理計畫執行之協調及監督事項。
（三）關於跨區垃圾處理之協調及監督事項。
（四）關於一般廢棄物處理場興建與營運管理計畫審查之協調及監督事項。
（五）關於垃圾場封閉、復育及綠（美）化事項。
（六）關於河川行水區內垃圾之處理事項。
六、第六科：
（一）關於海洋污染處理之協調及監督事項。
（二）關於毒性化學物質災害處理之協調及監督事項。
（三）關於公害陳情及公害糾紛之通報管制事項。
（四）關於天然災害與災後環境復建（含飲用水水質抽驗及自來水事業災情通報）之協調及監督事項。
（五）關於土壤及地下水污染緊急措施、列管與整治之協調及監督事項。
（六）關於清潔人員安全衛生及福利事項。
七、第七科：
（一）關於環境監測調查業務綜合規劃事項。
（二）關於河川、湖泊、水庫、海洋、土壤及地下水污染監測執行之督導事項。
（三）關於飲用水（含自來水）水質及包裝水、盛裝水水源水質稽查調查執行之督導事項。
（四）關於環境督察資訊系統之規劃、建制及管理維護事項。
（五）關於地方共通性環保應用資訊系統之推廣、協助及考核事項。
八、北、中、南區環境督察大隊：
（一）第一隊：
（二）第二隊、第三隊及第四隊：
（三）第五隊：
（四）第六隊：