會計室掌理事項如下：
一、關於經費收支預算之籌編、分配及控制事項。
二、關於會計事務之處理、會計報告及年度決算之編製事項。
三、關於原始憑證之查核、保管及送審事項。
四、關於營繕工程購置、定製、變賣財物之招標、比價、議價與驗收之會同監辦及經費開支之內部審核事項。
五、關於本署所屬機關會計業務之督導及查核事項。
六、關於本署所屬機關公款支付期限查核事項。
七、關於本署及所屬機關會計人員任免、遷調、考核及獎懲案件之擬辦事項。
八、其他有關會計、歲計事項。